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快乐永在

金虫 (小有名气)

[求助] 【求助】用chemdraw计算DNA的molecular dynamics的结果显示碱基都在外端合理吗?

如题,小虫我最近尝试用chemdraw计算DNA的molecular dynamics,结果显示碱基都在外端,而磷酸骨架都在内部,这样的结果合理吗?

由于小虫我不是做计算的,不懂这些东西,都是软件自动算的,只知道把温度确定为300K, step=2.0fs, frame=10 ,terminate afte=10000 step, heating/cooling rate=1.0 cal/atom/p. 另外,DNA的序列为5‘-CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCC-3'.

请高手看看这个结果是不是合理,具体的计算结构如附件所示。

还请懂行的前辈们帮帮忙,不胜感激!

【求助】用chemdraw计算DNA的molecular dynamics的结果显示碱基都在外端合理吗?
CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCC-dynamics.jpg
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