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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

[求助] 求助分析蛋白的生物信息学分析方法

现在想要预测一个已知序列的蛋白质的功能序列和三级结构，并验证。急求试验方法。多谢，愿赠送所有的金币
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1楼2013-01-01 23:07:49
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shxteacher

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
蛋白质功能方面的数据库：http://prosite.expasy.org/
蛋白质三级结构预测：http://swissmodel.expasy.org/
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OMG
2楼2013-01-02 11:36:38
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119904386

铁虫 (小有名气)
潜在的功能序列可以预测 软件很多
三维立体结构预测，除跨膜蛋白外，都不算难，最简单的swiss-model，高级一点的比如DS，amber，gromacs，namd等，建议去分子模拟论坛看看
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3楼2013-01-02 21:21:25
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shxteacher at 2013-01-02 11:36:38
蛋白质功能方面的数据库：http://prosite.expasy.org/
蛋白质三级结构预测：http://swissmodel.expasy.org/

蛋白质三级结构预测：http://swissmodel.expasy.org/

这个网站要求蛋白序列的格式为PDB，请问PDB格式怎么获得啊？
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4楼2013-01-02 22:13:18
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shxteacher

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

自动模式 （automated model）不需要输入PDB格式，直接输入序列就可以
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OMG
5楼2013-01-03 09:45:40
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
5楼: Originally posted by shxteacher at 2013-01-03 09:45:40
自动模式 （automated model）不需要输入PDB格式，直接输入序列就可以

自动模式 （automated model）是在哪里选择的啊？没找到啊？能否详细告诉我啊，谢谢啦
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6楼2013-01-03 21:19:40
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shxteacher at 2013-01-02 11:36:38
蛋白质功能方面的数据库：http://prosite.expasy.org/
蛋白质三级结构预测：http://swissmodel.expasy.org/

蛋白质功能方面的数据库：http://prosite.expasy.org/
这个网站打开后出现一个可输入的框，这个要输入的是什么编号啊？
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7楼2013-01-03 21:22:40
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shxteacher

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
yuguiyan: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2013-01-04 21:10:51
在prosite页面，在这个对话框下输入氨基酸序列即可Enter your sequence(s) or (a) UniProtKB (Swiss-Prot or TrEMBL) AC or ID [ Help ]:
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OMG
8楼2013-01-04 12:44:23
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shxteacher

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by yuguiyan at 2013-01-03 21:19:40
自动模式 （automated model）是在哪里选择的啊？没找到啊？能否详细告诉我啊，谢谢啦...

swiss-model页面左侧，modelling-automated mode,点击进去，输入你的序列即可
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OMG
9楼2013-01-04 12:46:28
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