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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

[求助] 求助分析蛋白的生物信息学分析方法

现在想要预测一个已知序列的蛋白质的功能序列和三级结构,并验证。急求试验方法。多谢,愿赠送所有的金币
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shxteacher

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by yuguiyan at 2013-01-03 21:19:40
自动模式 (automated model)是在哪里选择的啊?没找到啊?能否详细告诉我啊,谢谢啦...

swiss-model页面左侧,modelling-automated mode,点击进去,输入你的序列即可
OMG
9楼2013-01-04 12:46:28
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查看全部 9 个回答

shxteacher

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
蛋白质功能方面的数据库:http://prosite.expasy.org/
蛋白质三级结构预测:http://swissmodel.expasy.org/
OMG
2楼2013-01-02 11:36:38
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119904386

铁虫 (小有名气)

潜在的功能序列可以预测 软件很多
三维立体结构预测,除跨膜蛋白外,都不算难,最简单的swiss-model,高级一点的比如DS,amber,gromacs,namd等,建议去分子模拟论坛看看
3楼2013-01-02 21:21:25
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shxteacher at 2013-01-02 11:36:38
蛋白质功能方面的数据库:http://prosite.expasy.org/
蛋白质三级结构预测:http://swissmodel.expasy.org/

蛋白质三级结构预测:http://swissmodel.expasy.org/

这个网站要求蛋白序列的格式为PDB,请问PDB格式怎么获得啊?
4楼2013-01-02 22:13:18
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