应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接蛋白的选择及分析
51/1返回列表
查看: 4150  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接蛋白的选择及分析 已有1人参与

各位大虾：
       没有生物学背景，想请教一下，想做分子对接，从PDB数据库中找到靶标蛋白很多，怎么分析这些蛋白，以用于以后的分子对接研究呢？怎样选择其中一个蛋白，怎么分析这个晶体结构中的配体是哪个，蛋白有几个侧链，数据库中收录的是活性构象还是非活性构象呢？？这些需要下载PDB中参考文献看才能明白，还是从数据库中就能得出结论呢？
      麻烦各位大虾介绍详细一点。谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

autodock DS软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-06-09 11:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？
...

里面如果有配体结构的话，配体所在的位置即为活性位点
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-08 14:01:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先明确你的研究领域的靶蛋白，靶蛋白是否有晶体结构，如果有的话可以下载具体pdb结构查看，用pymol或者VMD观察结构，一般配体所在的部位即相关活性位点
赞一下 回复此楼
2楼2015-06-09 15:39:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-06-09 15:39:50
首先明确你的研究领域的靶蛋白，靶蛋白是否有晶体结构，如果有的话可以下载具体pdb结构查看，用pymol或者VMD观察结构，一般配体所在的部位即相关活性位点

有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-01 16:37:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？
...

请问楼主解决了吗？
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-04 09:41:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 335分 | 材料与化工专硕 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 321求调剂 +3 璞玉~~ 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:07 by Zhanglab-TJU
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315（英一）求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 311求调剂 +4 勇敢的小吴 2026-03-20 4/200 2026-03-25 18:12 by xcjcqu
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 085602 289分求调剂 +7 WWW西西弗斯 2026-03-24 7/350 2026-03-25 14:28 by 3Strings
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 303求调剂 +6 元夕元 2026-03-20 7/350 2026-03-25 12:00 by edmund7
[考研] 289求调剂 +9 怀瑾握瑜l 2026-03-20 9/450 2026-03-25 11:02 by userper
[考研] 食品专硕 一志愿双一流 328 +3 xiaom99 2026-03-21 4/200 2026-03-24 21:20 by lailaisimei
[考研] 300求调剂，材料科学英一数二 +5 leaflight 2026-03-24 5/250 2026-03-24 16:25 by laoshidan
[考研] 化学308分求调剂 +3 你好明天你好 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:11 by macy2011
[考研] 070300，一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +9 Ncdx123456 2026-03-19 9/450 2026-03-20 23:41 by lovewei0727
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭