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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接蛋白的选择及分析 已有1人参与

各位大虾:
       没有生物学背景,想请教一下,想做分子对接,从PDB数据库中找到靶标蛋白很多,怎么分析这些蛋白,以用于以后的分子对接研究呢?怎样选择其中一个蛋白,怎么分析这个晶体结构中的配体是哪个,蛋白有几个侧链,数据库中收录的是活性构象还是非活性构象呢??这些需要下载PDB中参考文献看才能明白,还是从数据库中就能得出结论呢?
      麻烦各位大虾介绍详细一点。谢谢
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?
...

里面如果有配体结构的话,配体所在的位置即为活性位点
6楼2015-07-08 14:01:43
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先明确你的研究领域的靶蛋白,靶蛋白是否有晶体结构,如果有的话可以下载具体pdb结构查看,用pymol或者VMD观察结构,一般配体所在的部位即相关活性位点
2楼2015-06-09 15:39:50
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珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-06-09 15:39:50
首先明确你的研究领域的靶蛋白,靶蛋白是否有晶体结构,如果有的话可以下载具体pdb结构查看,用pymol或者VMD观察结构,一般配体所在的部位即相关活性位点

有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-07-01 16:37:28
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J君临天下

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?
...

请问楼主解决了吗?
4楼2015-07-04 09:41:40
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