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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » DNA降解问题（求解释原因）
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人于两点

铜虫 (小有名气)

[求助] DNA降解问题（求解释原因） 已有2人参与

从sigma买的Deoxyribonucleic acid, low molecular weight from salmon sperm（脱氧核糖核酸，来自三文鱼的精子）。这东西放在4度冰箱两年了，现在发现用水溶DNA呈酸性，pH=4.这是不是说明，这样品降解了。那么降解后的DNA，A260/A280的值会怎么变化呢？最近实验老是不能重复，被老板骂，所以希望各位兄弟姐妹，踊跃发言，金币绝对不会少的。
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1楼 2015-06-08 22:52:00
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luwei13566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 人于两点 at 2015-06-09 12:04:47
谢谢！我看到你的建议2了，你的意思是说买来的DNA干粉还要超声处理，后期还得抽提、煮沸一类的吗？还是直接用缓冲液溶解直接用啊？！...

一般做杂交的封闭液是需要把鱼精DNA给预处理的。直接拿DNA这东西做营养源我还真没做过，不清楚是否需要预处理。不过我感觉如果DNA做营养物的话，对鱼精DNA质量要求不高。
1.一般细胞拿DNA做营养物需要在体外将其降解为碱基、脱氧核糖、磷酸才能被细胞摄取入体内。你添加的DNA再完整作为营养物也必然会被外源核酸酶、磷脂酶给降解掉才能被吸收，这个过程中大量磷酸释放出来，pH肯定是要下降的，因此有必要的话需要加入缓冲液维持培养基的pH。
2.你买的这个DNA是low molecular weight DNA，可能已经预处理过了。pH 4左右可能就是其正常的pH值，直接用Tris buffer溶解就可以用了，整个培养基可以用Tris buffer 调一下pH试试看
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人于两点
大家相互帮助哈
7楼2015-06-09 14:48:10
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
人于两点: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-06-09 10:26:57
是以干粉的形式保存在冰箱里，中途也没拆开过吗？
1.我感觉应该能用，溶在水中测得的pH也不一定是DNA降解导致的，因为本身样品中的成分本身就很杂，还有相当量的蛋白，按照说明书上写的，只要用50 mM Tris pH 8.0溶解了，A260/280在1.4左右应该就能用。
2.这个东西后期还得超声处理吧，后期还得抽提、煮沸一类的。你要是不放心处理完可以跑个电泳检测一下。只要DNA出现带型应该就没啥问题。
3.用这个做封闭吗？本身杂交就得多做几次，特别是前期还有预处理，可能对你的结果影响更直接。
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人于两点
大家相互帮助哈
2楼2015-06-08 23:59:05
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人于两点

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luwei13566 at 2015-06-08 23:59:05
是以干粉的形式保存在冰箱里，中途也没拆开过吗？
1.我感觉应该能用，溶在水中测得的pH也不一定是DNA降解导致的，因为本身样品中的成分本身就很杂，还有相当量的蛋白，按照说明书上写的，只要用50 mM Tris pH 8.0溶 ...

不是，我是用DNA作为P源来养菌，可是这DNA加入培养基溶解过后，培养基变成酸性了，菌都死了！
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3楼2015-06-09 10:25:07
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TNX6

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
人于两点: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-06-09 12:06:15
干粉一般用的时候再溶，长期不用的放在低温保存，所以在溶完之后，最好分装一下。短期用的放4度木有问题，其他的扔低温保存。
你这放4度都两年了，能用的可能性不大（我也是做DNA方面的，放4度两周，我基本就不用了）。如果可以的话，直接换新的吧。
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人于两点
奋斗的科研哈士奇
4楼2015-06-09 10:49:00
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