24小时热门版块排行榜    

查看: 1918  |  回复: 2

申岂几

新虫 (初入文坛)

[求助] 16S rDNA 测序结果比对及构建系统发育树问题 已有1人参与

GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 这是我的测序结果,在BLAST比对后,应该怎么选?选相似性大的?选取后是不是保存下基因库里的序列?是保存这个吗?LOCUS       KJ781866                1439 bp    DNA     linear   BCT 30-APR-2015
DEFINITION  Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION   KJ781866
VERSION     KJ781866.1  GI:675396518
KEYWORDS    .
SOURCE      Bacillus sp. B47
  ORGANISM  Bacillus sp. B47
            Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;
            Bacillus cereus group.
REFERENCE   1  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a
            protective role for the larvae against the antagonistic fungal
            associates of Dendroctonus valens
  JOURNAL   Unpublished
REFERENCE   2  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of
            Zoology, Beijing, China
COMMENT     ##Assembly-Data-START##
            Assembly Method       :: Mega v. 5
            Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing
            ##Assembly-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1439
                     /organism="Bacillus sp. B47"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="B47"
                     /isolation_source="invasive beetle"
                     /host="Dendroctonus valens"
                     /db_xref="taxon:1497179"
                     /country="China"
     rRNA            <1..>1439
                     /product="16S ribosomal RNA"
ORIGIN      
        1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg
       61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg
      121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg
      181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc
      241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag
      301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa
      361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt
      421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt
      481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc
      541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat
      601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa
      661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac
      721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa
      781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc
      841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca
      901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac
      961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca
     1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
     1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga
     1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta
     1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc
     1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg
     1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga
     1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg
一共选15个左右相似的?选取原则是什么?保存的样式是什么?
   然后 说 1.打开“CLUSTAL”文件夹→点击“CLUSTAL X”图标→点“File”菜单,选“Load sequences”,出现对话框→在“查找范围”内选择记事本所在的硬盘,找到存有序列的记事本→再点击对话框中的“打开”按钮,出现一个有多重序列的界面→点“Alignment”下拉菜单,选“Do Complete Alignmen”,出现一个小对话框→点击“ALIGN”按钮,开始进行序列比对,需等待一段时间。
二、请问有没有  CLUSTAL 软件的使用视频?
我是一个小白,希望高手赐教。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daniel1112

金虫 (小有名气)

内容已删除
2楼2015-05-13 00:03:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

果汁123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以去NCBI去下载相近的物种的16SDNA,然后就可以放在MEGA里面建进化树了
3楼2015-08-16 17:38:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 申岂几 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +16 基诺咪客 2026-08-17 20/1000 2026-08-20 12:44 by 201120518022
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +16 Ldrop2023 2026-08-13 20/1000 2026-08-20 11:07 by xskun
[基金申请] 言之凿凿,8月21号(明天)放榜 +12 医学老男孩 2026-08-20 14/700 2026-08-20 10:53 by ran2233
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 21/1050 2026-08-20 10:37 by Vivilian
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见