24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1801  |  回复: 2

申岂几

新虫 (初入文坛)

[求助] 16S rDNA 测序结果比对及构建系统发育树问题 已有1人参与

GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 这是我的测序结果,在BLAST比对后,应该怎么选?选相似性大的?选取后是不是保存下基因库里的序列?是保存这个吗?LOCUS       KJ781866                1439 bp    DNA     linear   BCT 30-APR-2015
DEFINITION  Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION   KJ781866
VERSION     KJ781866.1  GI:675396518
KEYWORDS    .
SOURCE      Bacillus sp. B47
  ORGANISM  Bacillus sp. B47
            Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;
            Bacillus cereus group.
REFERENCE   1  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a
            protective role for the larvae against the antagonistic fungal
            associates of Dendroctonus valens
  JOURNAL   Unpublished
REFERENCE   2  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of
            Zoology, Beijing, China
COMMENT     ##Assembly-Data-START##
            Assembly Method       :: Mega v. 5
            Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing
            ##Assembly-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1439
                     /organism="Bacillus sp. B47"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="B47"
                     /isolation_source="invasive beetle"
                     /host="Dendroctonus valens"
                     /db_xref="taxon:1497179"
                     /country="China"
     rRNA            <1..>1439
                     /product="16S ribosomal RNA"
ORIGIN      
        1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg
       61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg
      121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg
      181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc
      241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag
      301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa
      361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt
      421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt
      481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc
      541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat
      601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa
      661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac
      721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa
      781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc
      841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca
      901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac
      961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca
     1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
     1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga
     1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta
     1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc
     1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg
     1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga
     1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg
一共选15个左右相似的?选取原则是什么?保存的样式是什么?
   然后 说 1.打开“CLUSTAL”文件夹→点击“CLUSTAL X”图标→点“File”菜单,选“Load sequences”,出现对话框→在“查找范围”内选择记事本所在的硬盘,找到存有序列的记事本→再点击对话框中的“打开”按钮,出现一个有多重序列的界面→点“Alignment”下拉菜单,选“Do Complete Alignmen”,出现一个小对话框→点击“ALIGN”按钮,开始进行序列比对,需等待一段时间。
二、请问有没有  CLUSTAL 软件的使用视频?
我是一个小白,希望高手赐教。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daniel1112

金虫 (小有名气)

内容已删除
2楼2015-05-13 00:03:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

果汁123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以去NCBI去下载相近的物种的16SDNA,然后就可以放在MEGA里面建进化树了
3楼2015-08-16 17:38:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 申岂几 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学328分求调剂 +7 闪电kkl 2026-04-08 7/350 2026-04-08 13:54 by 蔡苏阳
[考研] 22408 266求调剂 +11 masss11222 2026-04-07 14/700 2026-04-08 11:06 by yulian1987
[考研] 312 化工或制药调剂 +9 小小墨123 2026-04-02 10/500 2026-04-08 10:30 by screening
[考研] 材料专硕调剂 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 12/600 2026-04-08 10:15 by screening
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级,数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:02 by zzfeng123
[考研] 生物学363调剂求助 +7 fanzhang6666 2026-04-06 9/450 2026-04-07 17:37 by lijunpoly
[考研] 292求调剂 +4 lilllllxccc 2026-04-05 5/250 2026-04-07 09:29 by 纺大杨老师
[考研] 材料与化工363求推荐 +11 zh096 2026-04-04 11/550 2026-04-06 19:14 by guanxin1001
[考研] 材料334求调剂 +19 Eecho# 2026-04-03 19/950 2026-04-06 08:37 by 小小树2024
[考研] 一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-04-04 12/600 2026-04-05 19:04 by 蓝云思雨
[考研] 工科08-机械专硕-求调剂 +3 雷欧飞踢 2026-04-02 3/150 2026-04-05 18:49 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:46 by imissbao
[考研] 材料化工306分找合适调剂 +14 沧海轻舟e 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:53 by 朱云虎202
[考研] 男生,一志愿沪9生物学071000,初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 专硕310求调剂 +5 捞捞我…. 2026-04-04 6/300 2026-04-04 23:33 by barlinike
[考研] 一志愿上海大学生物学346 +3 上海大学346调剂 2026-04-03 3/150 2026-04-04 20:20 by dongzh2009
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 265求调剂 +17 林深温澜 2026-04-01 20/1000 2026-04-04 01:09 by userper
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 296求调剂 +4 sdhu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:29 by baoball
信息提示
请填处理意见