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申岂几

新虫 (初入文坛)

[求助] 16S rDNA 测序结果比对及构建系统发育树问题 已有1人参与

GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 这是我的测序结果,在BLAST比对后,应该怎么选?选相似性大的?选取后是不是保存下基因库里的序列?是保存这个吗?LOCUS       KJ781866                1439 bp    DNA     linear   BCT 30-APR-2015
DEFINITION  Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION   KJ781866
VERSION     KJ781866.1  GI:675396518
KEYWORDS    .
SOURCE      Bacillus sp. B47
  ORGANISM  Bacillus sp. B47
            Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;
            Bacillus cereus group.
REFERENCE   1  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a
            protective role for the larvae against the antagonistic fungal
            associates of Dendroctonus valens
  JOURNAL   Unpublished
REFERENCE   2  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of
            Zoology, Beijing, China
COMMENT     ##Assembly-Data-START##
            Assembly Method       :: Mega v. 5
            Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing
            ##Assembly-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1439
                     /organism="Bacillus sp. B47"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="B47"
                     /isolation_source="invasive beetle"
                     /host="Dendroctonus valens"
                     /db_xref="taxon:1497179"
                     /country="China"
     rRNA            <1..>1439
                     /product="16S ribosomal RNA"
ORIGIN      
        1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg
       61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg
      121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg
      181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc
      241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag
      301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa
      361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt
      421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt
      481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc
      541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat
      601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa
      661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac
      721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa
      781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc
      841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca
      901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac
      961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca
     1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
     1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga
     1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta
     1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc
     1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg
     1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga
     1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg
一共选15个左右相似的?选取原则是什么?保存的样式是什么?
   然后 说 1.打开“CLUSTAL”文件夹→点击“CLUSTAL X”图标→点“File”菜单,选“Load sequences”,出现对话框→在“查找范围”内选择记事本所在的硬盘,找到存有序列的记事本→再点击对话框中的“打开”按钮,出现一个有多重序列的界面→点“Alignment”下拉菜单,选“Do Complete Alignmen”,出现一个小对话框→点击“ALIGN”按钮,开始进行序列比对,需等待一段时间。
二、请问有没有  CLUSTAL 软件的使用视频?
我是一个小白,希望高手赐教。
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daniel1112

金虫 (小有名气)

内容已删除
2楼2015-05-13 00:03:48
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果汁123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以去NCBI去下载相近的物种的16SDNA,然后就可以放在MEGA里面建进化树了
3楼2015-08-16 17:38:22
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