24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1851  |  回复: 2

申岂几

新虫 (初入文坛)

[求助] 16S rDNA 测序结果比对及构建系统发育树问题 已有1人参与

GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 这是我的测序结果,在BLAST比对后,应该怎么选?选相似性大的?选取后是不是保存下基因库里的序列?是保存这个吗?LOCUS       KJ781866                1439 bp    DNA     linear   BCT 30-APR-2015
DEFINITION  Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION   KJ781866
VERSION     KJ781866.1  GI:675396518
KEYWORDS    .
SOURCE      Bacillus sp. B47
  ORGANISM  Bacillus sp. B47
            Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;
            Bacillus cereus group.
REFERENCE   1  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a
            protective role for the larvae against the antagonistic fungal
            associates of Dendroctonus valens
  JOURNAL   Unpublished
REFERENCE   2  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS   Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of
            Zoology, Beijing, China
COMMENT     ##Assembly-Data-START##
            Assembly Method       :: Mega v. 5
            Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing
            ##Assembly-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1439
                     /organism="Bacillus sp. B47"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="B47"
                     /isolation_source="invasive beetle"
                     /host="Dendroctonus valens"
                     /db_xref="taxon:1497179"
                     /country="China"
     rRNA            <1..>1439
                     /product="16S ribosomal RNA"
ORIGIN      
        1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg
       61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg
      121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg
      181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc
      241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag
      301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa
      361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt
      421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt
      481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc
      541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat
      601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa
      661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac
      721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa
      781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc
      841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca
      901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac
      961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca
     1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
     1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga
     1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta
     1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc
     1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg
     1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga
     1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg
一共选15个左右相似的?选取原则是什么?保存的样式是什么?
   然后 说 1.打开“CLUSTAL”文件夹→点击“CLUSTAL X”图标→点“File”菜单,选“Load sequences”,出现对话框→在“查找范围”内选择记事本所在的硬盘,找到存有序列的记事本→再点击对话框中的“打开”按钮,出现一个有多重序列的界面→点“Alignment”下拉菜单,选“Do Complete Alignmen”,出现一个小对话框→点击“ALIGN”按钮,开始进行序列比对,需等待一段时间。
二、请问有没有  CLUSTAL 软件的使用视频?
我是一个小白,希望高手赐教。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daniel1112

金虫 (小有名气)

内容已删除
2楼2015-05-13 00:03:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

果汁123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以去NCBI去下载相近的物种的16SDNA,然后就可以放在MEGA里面建进化树了
3楼2015-08-16 17:38:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 申岂几 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 论文撤稿了 +5 bjvtcliu 2026-05-24 8/400 2026-05-24 23:24 by zju2000
[考博] 博士申请 +6 星…… 2026-05-18 7/350 2026-05-24 22:45 by 预约这个秋天
[基金申请] 青B发送上会通知了吗 +5 chemBioBro 2026-05-22 8/400 2026-05-24 22:10 by Max0601
[考博] 化学专业申博 +3 赵子羊 2026-05-23 4/200 2026-05-24 18:10 by 工大学长
[基金申请] 评审有感 +16 popular289 2026-05-18 27/1350 2026-05-24 17:34 by hhs666
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 hvkbtfonbv 2026-05-23 4/200 2026-05-24 17:21 by 75ui6h7z2t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hvkbtfonbv 2026-05-23 3/150 2026-05-24 17:10 by 75ui6h7z2t
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hvkbtfonbv 2026-05-23 3/150 2026-05-24 17:01 by 75ui6h7z2t
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 a2tycdlnq1 2026-05-23 5/250 2026-05-24 16:21 by hhx1yx9evi
[基金申请] 河北省自然科学基金 +6 Peterchao 2026-05-18 9/450 2026-05-24 16:02 by 130067131
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 pmo95bazuy 2026-05-23 8/400 2026-05-24 15:56 by 1uy1ht2y9r
[基金申请] 西安交大新媒学院副院长用撤稿论文结题 +3 bjvtcliu 2026-05-24 5/250 2026-05-24 10:16 by kudofaye
[教师之家] 某211大学教师把个人教师官方主页改成:我跑了我跑了我跑了!官宣跑路! +4 zju2000 2026-05-21 5/250 2026-05-24 09:35 by songwz
[考博] 26/27申博自荐 10+4 ZXW0202 2026-05-22 9/450 2026-05-24 08:47 by bjvtcliu
[考博] 博士申请 +3 焦晓明 2026-05-21 3/150 2026-05-23 11:26 by mlc840311
[论文投稿] 投稿求助,期刊 +4 希冀,有书读 2026-05-20 8/400 2026-05-22 10:16 by 希冀,有书读
[文学芳草园] 献血感触 +7 呀呀好傻 2026-05-19 13/650 2026-05-21 20:15 by 呀呀好傻
[基金申请] 国自然上会要求 +7 无名者登山 2026-05-18 11/550 2026-05-21 15:50 by draco1987
[有机交流] 反应很差,大量原料没有反应 5+3 Mr.Zot 2026-05-19 8/400 2026-05-20 22:19 by Equinoxhua
[考博] 如果工作了想读博,可以边工作边读全日制嘛? 30+3 铁达火车 2026-05-18 5/250 2026-05-20 09:33 by tfang
信息提示
请填处理意见