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申岂几

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 15.5
帖子: 10
在线: 2.1小时
虫号: 3858850
注册: 2015-05-09
专业: 药物毒理

[求助] 16S rDNA 测序结果比对及构建系统发育树问题已有1人参与

GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 这是我的测序结果，在BLAST比对后，应该怎么选？选相似性大的？选取后是不是保存下基因库里的序列？是保存这个吗？LOCUS    KJ781866             1439 bp DNA    linear BCT 30-APR-2015
DEFINITION  Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION KJ781866
VERSION    KJ781866.1  GI:675396518
KEYWORDS .
SOURCE    Bacillus sp. B47
  ORGANISM  Bacillus sp. B47
         Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;
         Bacillus cereus group.
REFERENCE 1  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE    Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a
         protective role for the larvae against the antagonistic fungal
         associates of Dendroctonus valens
  JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE    Direct Submission
  JOURNAL Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of
         Zoology, Beijing, China
COMMENT    ##Assembly-Data-START##
         Assembly Method    :: Mega v. 5
         Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing
         ##Assembly-Data-END##
FEATURES          Location/Qualifiers
   source       1..1439
                  /organism="Bacillus sp. B47"
                  /mol_type="genomic DNA"
                  /strain="B47"
                  /isolation_source="invasive beetle"
                  /host="Dendroctonus valens"
                  /db_xref="taxon:1497179"
                  /country="China"
   rRNA          <1..>1439
                  /product="16S ribosomal RNA"
ORIGIN
      1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg
   61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg
   121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg
   181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc
   241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag
   301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa
   361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt
   421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt
   481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc
   541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat
   601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa
   661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac
   721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa
   781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc
   841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca
   901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac
   961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca
   1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
   1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga
   1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta
   1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc
   1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg
   1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga
   1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg
一共选15个左右相似的？选取原则是什么？保存的样式是什么？
然后说 1．打开“CLUSTAL”文件夹→点击“CLUSTAL X”图标→点“File”菜单，选“Load sequences”，出现对话框→在“查找范围”内选择记事本所在的硬盘，找到存有序列的记事本→再点击对话框中的“打开”按钮，出现一个有多重序列的界面→点“Alignment”下拉菜单，选“Do Complete Alignmen”，出现一个小对话框→点击“ALIGN”按钮，开始进行序列比对，需等待一段时间。
二、请问有没有  CLUSTAL 软件的使用视频？
我是一个小白，希望高手赐教。

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