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secretov

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 求助pcr扩增扩不出目的条带 已有4人参与

以黄鳝某性别基因设计了三对引物,想扩这个基因全长,前两对都跑出来了,而且我有三个DNA模板样本,说明DNA模板应该没问题。但是第三对怎么也阔不出来,也试过梯度PCR了从53°到61°都试过了,没有条带,请问各位大神我还要继续试温度么,怎么继续优化条件呢?

目的片段1082bp

我是用的25微升体系:ddH2O 15 微升 、  PCRmix 8微升、 引物分别0.5 微升、 DNA1微升

PRIMER6 上下游引物Tm值分别为:54.2° 和 54.6°

程序为:
95° 5min  、  94°1min 、55°1min 、72°1min 05s、72°10min 、4° forever

谢谢帮忙,才开始做PCR很多不懂
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  • 2015-04-30 17:14:09, 874.92 K

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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
RT-PCR吗?如果你确定RT的产物模板没有问题,按照你说的,应该不是温度问题,重新设计引物吧
2楼2015-04-30 20:20:12
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secretov

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yingheqian at 2015-04-30 20:20:12
RT-PCR吗?如果你确定RT的产物模板没有问题,按照你说的,应该不是温度问题,重新设计引物吧

不是RT,是普通PCR。
3楼2015-05-02 11:10:50
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neckey

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
优化pcr体系,参数,可能很耗时,这时候重新设计引物看看可能就能扩增出目的带。(我也是听另外一个吧友说的嘻嘻!)希望能帮你。
4楼2015-05-02 11:56:18
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yan_nie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-04 09:02:27
secretov: 金币+20, ★有帮助 2015-05-04 19:11:54
有可能是扩增的目标DNA区段的双链在扩增时没有完全打开(GC百分比比较高,导致目标区段DNA缠绕得较紧)。可以试一下加DMSO,用一下不同的百分比(比如2%,4%,8%)看看能不能扩增出目标条带。
己欲立而立人,己欲达而达人。
5楼2015-05-04 00:09:03
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auwdh

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-04 09:02:32
pcr刚开始做会有很多问题的,你在这求助估计也没什么好的答案。他涉及到太多方面了,专业光讲pcr的书可不是几张纸,是几百页的书了。做多了就知道了,每一个步骤都可能有问题,模板啊,温度啊,浓度啊,强烈建议你看看分子克隆里面的相关章节。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
我交出一片心,不怕你误解,谁没受过伤,谁没流过泪?
6楼2015-05-04 00:29:24
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梦源1989

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-04 09:02:35
其他两对引物扩出来了,基本可以排除dd水,模板的问题,感觉可以尝试换换mix,还有重新设计引物,和降低退火温度

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-05-04 01:17:52
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