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用autodock做病毒衣壳蛋白与配体的对接 已有4人参与
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1）本人想用autodock做病毒衣壳蛋白与小分子配体的对接，PDB中有病毒衣壳的VP1序列，我用Oligomer Generator生成了一个由两个VP1组成的部分衣壳结构，含有两个小分子活性对接口袋（保证活性口袋完整性的最小单元），随后将得到的PDB文件用chimera加氢加电荷，输出后备用。不知道前面的准备有没有什么问题，一直在摸索。 2）应用上面处理的受体文件导入autodock中，去水，保存。配体分子也经过能量最小化处理导入autodock中，设置能够扭转的键后PDBQT格式输出。 3）准备受体的柔性残基文件，选取了活性口袋五个残基中的一个残基为柔性残基，并自行设计了可扭转的键，然后分别保存了flex及rigid文件。 4）准备大分子，Grid导入之前保存的受体的rigid文件，弹出对话框询问是否保留之前已经加上的电荷以替代ADT自动加上的Gasteiger电荷，点击Yes之后，问题就来了，警告rigid文件为非完整电荷，指出了哪些残基电荷有问题，并建议在输出文件中更改，不知这是哪里出现了问题，要怎样在输出文件中更改呢？ 5）box的参数设置：以柔性残基的一个原子坐标为中心设置（不知这样选择对不对）。另外，导入的受体分子有两个相同的活性口袋，但其中只有一个活性口袋是完整的，另外一个能删除吗，否则在选择柔性残基时就会有两个残基。 下图为grid报错的警告 以上问题求解答呀，万分感谢了！！！  1.jpg |
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这是由于所有这些列出来的残基结构是不完整的。也就是你的pdb文件中的结构不完整。这种现象经常发生，因为解结构的人不能确定这些原子的位置，也就没有把它们放到pdb文件中。解决的方法是：检查这些残基是否在对接面上，如果不在的话，那不用管他，或者点击菜单栏里Edit-charges-check totals on residues,这样会把所有不完整的电荷分均匀；如果这些残缺的残基很重要，抑或你就是想把蛋白结构补充完整，你可以点击菜单栏里Edit-Misc-Repair Missing Atoms，将所有缺失的部分不全。但请注意，使用这一选项的前提是你的pdb文件是从pdb.org上直接下载的，因为这样的文件的开头才会有所有缺失原子的信息。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
6楼2015-04-28 15:37:47
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