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用autodock做病毒衣壳蛋白与配体的对接 已有4人参与
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1）本人想用autodock做病毒衣壳蛋白与小分子配体的对接，PDB中有病毒衣壳的VP1序列，我用Oligomer Generator生成了一个由两个VP1组成的部分衣壳结构，含有两个小分子活性对接口袋（保证活性口袋完整性的最小单元），随后将得到的PDB文件用chimera加氢加电荷，输出后备用。不知道前面的准备有没有什么问题，一直在摸索。 2）应用上面处理的受体文件导入autodock中，去水，保存。配体分子也经过能量最小化处理导入autodock中，设置能够扭转的键后PDBQT格式输出。 3）准备受体的柔性残基文件，选取了活性口袋五个残基中的一个残基为柔性残基，并自行设计了可扭转的键，然后分别保存了flex及rigid文件。 4）准备大分子，Grid导入之前保存的受体的rigid文件，弹出对话框询问是否保留之前已经加上的电荷以替代ADT自动加上的Gasteiger电荷，点击Yes之后，问题就来了，警告rigid文件为非完整电荷，指出了哪些残基电荷有问题，并建议在输出文件中更改，不知这是哪里出现了问题，要怎样在输出文件中更改呢？ 5）box的参数设置：以柔性残基的一个原子坐标为中心设置（不知这样选择对不对）。另外，导入的受体分子有两个相同的活性口袋，但其中只有一个活性口袋是完整的，另外一个能删除吗，否则在选择柔性残基时就会有两个残基。 下图为grid报错的警告 以上问题求解答呀，万分感谢了！！！  1.jpg |
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3楼2015-04-28 07:35:38