| 查看: 2007 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
用autodock做病毒衣壳蛋白与配体的对接 已有4人参与
|
||
|
1）本人想用autodock做病毒衣壳蛋白与小分子配体的对接，PDB中有病毒衣壳的VP1序列，我用Oligomer Generator生成了一个由两个VP1组成的部分衣壳结构，含有两个小分子活性对接口袋（保证活性口袋完整性的最小单元），随后将得到的PDB文件用chimera加氢加电荷，输出后备用。不知道前面的准备有没有什么问题，一直在摸索。 2）应用上面处理的受体文件导入autodock中，去水，保存。配体分子也经过能量最小化处理导入autodock中，设置能够扭转的键后PDBQT格式输出。 3）准备受体的柔性残基文件，选取了活性口袋五个残基中的一个残基为柔性残基，并自行设计了可扭转的键，然后分别保存了flex及rigid文件。 4）准备大分子，Grid导入之前保存的受体的rigid文件，弹出对话框询问是否保留之前已经加上的电荷以替代ADT自动加上的Gasteiger电荷，点击Yes之后，问题就来了，警告rigid文件为非完整电荷，指出了哪些残基电荷有问题，并建议在输出文件中更改，不知这是哪里出现了问题，要怎样在输出文件中更改呢？ 5）box的参数设置：以柔性残基的一个原子坐标为中心设置（不知这样选择对不对）。另外，导入的受体分子有两个相同的活性口袋，但其中只有一个活性口袋是完整的，另外一个能删除吗，否则在选择柔性残基时就会有两个残基。 下图为grid报错的警告 以上问题求解答呀，万分感谢了！！！  1.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
青基如何破局
已经有4人回复
-
基金不中，共勉
已经有8人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有5人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有5人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有5人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
-
面上合作单位盖章
已经有3人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接
已经有7人回复
- 求助！autodock对接结果分析！
已经有7人回复
- autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题
已经有8人回复
- 把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手...
已经有7人回复
- 关于autodock vina对接的conf.txt写法
已经有4人回复
- Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？
已经有12人回复
- 在autodock软件中如何将配体和受体拆分开
已经有9人回复
- autodock对接的氢键
已经有7人回复
- autodock柔性对接
已经有5人回复
- 【转载】 分子对接中确定活性位点的方法
已经有5人回复
- Autodock对接构象准确性的评价——RMSD
已经有10人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- Autodock对接dlg格式文件中出现问题
已经有6人回复
- 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件
已经有8人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？
已经有12人回复
- 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
已经有14人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】蛋白蛋白对接
已经有9人回复
5楼2015-04-28 15:29:22
2楼2015-04-27 22:35:42
3楼2015-04-28 07:35:38
4楼2015-04-28 08:33:02
