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混合配搭

新虫 (小有名气)

[交流] 基因家族的问题

有一段序列，想找它的基因家族，是所有序列都有家族吗？家族有多大，和选几个可以自己决定吗？我的序列是核苷酸，BLAST后没出现几个，我转成了氨基酸后有一些，我就把这些与它同源性高的氨基酸序列都下载下来，就可以建一个家族了吗？还需要用什么软件筛选吗？希望大家帮帮我，这方面不懂啊
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1楼 2015-04-15 08:05:17
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hailunl

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
混合配搭: 金币+2 2015-04-16 11:07:22
引用回帖:
7楼: Originally posted by 混合配搭 at 2015-04-15 22:30:58
功能域分析怎么看啊？网站会直接给出吗？他会有几个排名是吗？具体怎么选择啊？不太懂，希望说的仔细一点呗。
...

不是，我想你还是刚接触科研这个领域。
我把我学位论文摘一段给你看看：
为了鉴定xxx基因家族，我们使用拟南芥和水稻中已知的xxx蛋白序列搜索大豆全基因组数据库（http://www.phytozome.net/soybean）。搜索到的所有可能的候选基因利用InterProScan program（http://www.ebi.ac.uk/interpro）进行确认xx区域是否存在xx结构域。所有确认的蛋白序列利用Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk/search) and SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/) 工具进行重新评估。
3.1.5 序列分析
鉴定后得到的xxx蛋白序列利用DNAMAN软件预测其分子量，在PROSITE (http://web.expasy.org/myristoylator/) 网站预测其N-myristoylation motif；系统进化树构建采用MEG 5.0。
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9楼2015-04-15 22:39:57
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匿名
本帖仅楼主可见
2楼2015-04-15 08:18:54
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810043138
3楼2015-04-15 08:33:22
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
路过的看了一下，帮顶，祝福好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
4楼2015-04-15 08:33:24
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kuaileren
5楼2015-04-15 08:46:57
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hailunl

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-04-15 22:08:06
混合配搭: 金币+1 2015-04-15 22:31:05
如果想找基因家族，最好用氨基酸序列比对。
基因家族大小不确定，小的只有几个，大的家族比如Mbp几百个都有可能。
先查找序列，最后功能域分析，确定是否是自己基因家族成员。
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6楼2015-04-15 15:56:27
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混合配搭

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hailunl at 2015-04-15 15:56:27
如果想找基因家族，最好用氨基酸序列比对。
基因家族大小不确定，小的只有几个，大的家族比如Mbp几百个都有可能。
先查找序列，最后功能域分析，确定是否是自己基因家族成员。

功能域分析怎么看啊？网站会直接给出吗？他会有几个排名是吗？具体怎么选择啊？不太懂，希望说的仔细一点呗。

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7楼2015-04-15 22:30:58
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混合配搭

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hailunl at 2015-04-15 15:56:27
如果想找基因家族，最好用氨基酸序列比对。
基因家族大小不确定，小的只有几个，大的家族比如Mbp几百个都有可能。
先查找序列，最后功能域分析，确定是否是自己基因家族成员。

功能域分析会直接给出是否是一个家族吗？

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8楼2015-04-15 22:32:49
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混合配搭

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by hailunl at 2015-04-15 22:39:57
不是，我想你还是刚接触科研这个领域。
我把我学位论文摘一段给你看看：
为了鉴定xxx基因家族，我们使用拟南芥和水稻中已知的xxx蛋白序列搜索大豆全基因组数据库（http://www.phytozome.net/soybean）。搜索到的 ...

谢谢你，我刚接触，好多不懂。我先看一下你的论文。然后再问你吧。太感谢了

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10楼2015-04-16 11:08:18
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