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基因家族的问题
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有一段序列，想找它的基因家族，是所有序列都有家族吗？家族有多大，和选几个可以自己决定吗？我的序列是核苷酸，BLAST后没出现几个，我转成了氨基酸后有一些，我就把这些与它同源性高的氨基酸序列都下载下来，就可以建一个家族了吗？还需要用什么软件筛选吗？希望大家帮帮我，这方面不懂啊 |
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hailunl
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
混合配搭: 金币+2 2015-04-16 11:07:22
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不是，我想你还是刚接触科研这个领域。 我把我学位论文摘一段给你看看： 为了鉴定xxx基因家族，我们使用拟南芥和水稻中已知的xxx蛋白序列搜索大豆全基因组数据库（http://www.phytozome.net/soybean）。搜索到的所有可能的候选基因利用InterProScan program（http://www.ebi.ac.uk/interpro）进行确认xx区域是否存在xx结构域。所有确认的蛋白序列利用Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk/search) and SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/) 工具进行重新评估。 3.1.5 序列分析 鉴定后得到的xxx蛋白序列利用DNAMAN软件预测其分子量，在PROSITE (http://web.expasy.org/myristoylator/) 网站预测其N-myristoylation motif；系统进化树构建采用MEG 5.0。 |
9楼2015-04-15 22:39:57
阿Q~~
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