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rainbowlulu

铜虫 (小有名气)

[求助] 新人一个,关于引物设计的问题 已有1人参与

想要针对沙门氏菌属进行PCR,参考了文献都是针对invA这段基因进行扩增,但是我在genebank上查了下,不同种的沙门氏菌这段基因的序列是不一样的,大概相差200bp,我在设计引物的时候是要将这些不同的序列进行比对,找到相同的片段再设计引物么?另外在看文献的时候,发现大家所设计的引物都不大相同,是由于所选用的菌种不一样,还是说针对的片段不一样呢?
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rainbowlulu

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 美琪琪 at 2015-02-02 15:43:54
这个可能就是选的的片段不一样来设计引物的原因吧,我自己的看法就是,你再Genbank上多下几个沙门氏菌的这段基因序列,然后放到DNAstar去比对,找一段保守基因,这样设计的引物就比较好。

另外,如果是直接选用别人的引物的话,就需要用和文献中相同的菌种?不好意思刚接触分子这块所以问的问题比较琐碎
4楼2015-02-02 15:57:31
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美琪琪

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
rainbowlulu: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 太谢谢了! 2015-02-02 15:54:31
这个可能就是选的的片段不一样来设计引物的原因吧,我自己的看法就是,你再Genbank上多下几个沙门氏菌的这段基因序列,然后放到DNAstar去比对,找一段保守基因,这样设计的引物就比较好。
2楼2015-02-02 15:43:54
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rainbowlulu

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 美琪琪 at 2015-02-02 15:43:54
这个可能就是选的的片段不一样来设计引物的原因吧,我自己的看法就是,你再Genbank上多下几个沙门氏菌的这段基因序列,然后放到DNAstar去比对,找一段保守基因,这样设计的引物就比较好。

是不是将比对后的保守序列再用primer进行引物设计,然后尽量选择发夹结构那些都是none的?
3楼2015-02-02 15:55:43
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