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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

[求助] 怀疑提质粒时提到了杂菌的质粒,求大家给帮着分析分析 已有2人参与

第一次提质粒之后跑了电泳,重组质粒应该是7000,没线性化跑的时候4000那有非常亮的条带,但是7000那只有隐隐约约的条带,而且某些样品点样孔发亮。虽然没线性化看不出实际大小,但大小是差不多的,不会相差3000bp这么多。我用的质粒是pEASY Blunt Simple,空质粒就是4000.
  随后我用通用引物,以质粒为模板跑了PCR,都跑出了3000的目的条带,诡异的是某些样品点样孔依然发亮。第一次跑PCR产物有这种情况。
  然后我又用EcoRI和NotI双酶切过夜,跑了电泳,能切出两条带,并且大小相符。而且没有杂带……
  我以为是我提质粒提不好,又认真的提了一次,还是和第一次一样,4000那非常亮,7000(也就是重组质粒应该在的地方)反而只有隐约的条带。
  当时觉得结果不好都没留图,烦大家看文字吧。
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by ggyy0911 at 2014-12-09 08:14:10
以前从来没有提成这样过,一直是一条带,这次除了用的不是冷冻离心机以外,其他操作都一样。会是什么因素但是超螺旋质粒这么亮呢?
...

给超螺旋的质粒判断大小,理论上是不能用线型MaRKEr的,很多因素都会影响你的判断。如果你想提高提取效率,问下试剂盒的客服吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2014-12-09 08:26:16
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你提的没问题,4K的是超螺旋的质粒。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2014-12-08 18:26:06
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
"虽然没线性化看不出实际大小,但大小是差不多的,不会相差3000bp这么多。"你的这个理解是错误的。要想通过电泳判断载体大小,有两种方法,一种是对载体进行单酶切后电泳,另一种是使用载体电泳专用marker。
3楼2014-12-08 18:55:00
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaodahe at 2014-12-08 18:26:06
你提的没问题,4K的是超螺旋的质粒。

以前从来没有提成这样过,一直是一条带,这次除了用的不是冷冻离心机以外,其他操作都一样。会是什么因素但是超螺旋质粒这么亮呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-12-09 08:14:10
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