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ptccc

铜虫 (初入文坛)

[求助] PET-32A重组质粒构建 已有2人参与

最近在重组质粒,遇上很多问题。首先就是我每次抽提质粒的浓度总是很低。然后我那浓度低的质粒双酶切(Ecor1和xho1)后和目的基因连接。挑菌后菌液PCR,条带比较弱,我担心是假阳性,就抽提质粒后用带目的基因的引物做了PCR,条带很亮,大小也对。然后双酶切了,目的基因片段附近有点弱弱的条带,我还不放心,就拿空质粒和我认为的重组质粒跑了胶,一看,重组质粒比较大,而且大小片段应该对。。然后测序。测序结果是空质粒!!!!!!!!!!!我该怎么办?从哪开始重做??
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+5, 鼓励交流 2013-12-26 08:29:38
ptccc: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 谢谢~ 2013-12-26 21:42:58
1.提质粒浓度低 有可能是你提质粒没提好,细胞壁没破开,如果手提质粒不熟练就用试剂盒吧,也有可能是你保存质粒的菌染菌了~,接菌的培养基加抗性了吗?如果在加抗性的培养基里摇出来的菌提质粒还是浓度低,那就用你提出来的浓度低的质粒用不同的宿主菌再重新转化一下,保存质粒的菌株是JM109还是DH5a??
2.你用浓度很低的质粒和基因同时双酶切后处理了吗,比如割胶回收或者纯化??还是直接混在一起酶连了?
3.酶连后转化,你的感受态细胞做的怎么样?涂板的平板抗性加够了吗??挑出来的转化子提质粒浓度还低?你平板上的转化子长得怎么样,整个平板上都是小的单菌落转化子吗?你从你的筛选平板上挑单菌落接试管的同时扎板保存了吗?扎的板子上的菌落长得怎么样?
4.你用PCR来验证重组质粒只能说明你的转化子里的质粒里含有重组质粒,而不能证明纯度,你双酶切后目的条带处很弱有两个可能:一是你双酶切处理的不彻底,就是酶切时间不够长,再者就是你的质粒不纯,咱们跑的琼脂糖凝胶是有个分辨率的,胶上看不见的不一定没有。从测序结果上也可以看出这一点。~因此,你从转化子里提的质粒是重组质粒和空载质粒的混合物,~而且你的重组质粒貌似要比空载的多一些~~

解决的办法很简单,就拿你从转化子里提的质粒重新做一下转化,换个宿主菌做感受态,以前是BL21的话可以先用个DH5a或者JM109(你一定要确认你的菌没有染杂菌),转化后涂板再筛一次转化子,一定要挑单菌落~再提一下质粒看看,如果跑的胶很亮,大小也对(想做酶切验证也可以),就可以送测序,转化子就可以保存个甘油管这样重组质粒就保存好了,如果想表达直接提重组质粒转化BL21就行了,顺便说一句,从LZ描述的情况看,你的菌有必要做个全面筛查,我估计你保存的好多菌都不太可靠特别是BL21,实在不行就扔了问别人借一下
大家相互帮助哈
4楼2013-12-26 02:06:38
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普通回帖

b6122

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-26 08:29:31
ptccc: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-12-26 22:01:39
你先检查一下是不是菌种悲剧了。划个带抗生素的板子重新挑个菌落做一下,或者重新转化挑菌落。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2013-12-26 00:18:00
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youngyyf

新虫 (小有名气)

好悲催

[ 发自小木虫客户端 ]
既然选择了远方便只顾风雨兼程
3楼2013-12-26 00:41:21
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by luwei13566 at 2013-12-26 02:06:38
1.提质粒浓度低 有可能是你提质粒没提好,细胞壁没破开,如果手提质粒不熟练就用试剂盒吧,也有可能是你保存质粒的菌染菌了~,接菌的培养基加抗性了吗?如果在加抗性的培养基里摇出来的菌提质粒还是浓度低,那就用你 ...

顺便提一句,用质粒转化的时候质粒不要加多了0.5ul就足够了,如果你的质粒浓度低的话1ul也够了,不然满板的转化子甚至整个平板都是白的。
大家相互帮助哈
5楼2013-12-26 02:11:41
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2013-12-26 08:29:44
pET系列的表达载体不是高拷贝质粒,所以质粒浓度不高是正常的。你可以多收些菌裂解,用一个柱子吸附,应该得到浓度可以的质粒。
如果你确定重组质粒没有问题,有可能是测序的事情,一般多送几个克隆。鉴定时双酶切和单酶切都要做,同时用空载体做对照。双酶切看到目标条带,单酶切后重组质粒比空载体大,并与marker的分子量进行比对。未经酶切的质粒大小不好与marker比较。
6楼2013-12-26 03:31:41
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ptccc

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by luwei13566 at 2013-12-26 02:06:38
1.提质粒浓度低 有可能是你提质粒没提好,细胞壁没破开,如果手提质粒不熟练就用试剂盒吧,也有可能是你保存质粒的菌染菌了~,接菌的培养基加抗性了吗?如果在加抗性的培养基里摇出来的菌提质粒还是浓度低,那就用你 ...

我也怀疑是我的培养基抗生素失效了,今天拿板子直接放37度培养,长了菌。然后我就重新找别人要了Pet32a拿来划线挑菌了,看来是一点懒都不能偷。我今天还重新配了所有的培养基!睡一觉醒来我就不绝望了。今天我还连接了pPICZα,实验室都做真核,我本来嫌麻烦所以做原核,但是实验室做原核的质粒什么的太少了,而且出问题了不知道问谁。

谢谢你的回答。
7楼2013-12-26 21:49:01
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ptccc

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by youngyyf at 2013-12-26 00:41:21
好悲催


今天早上起来我满血复活了。
8楼2013-12-26 21:49:41
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ptccc

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by b6122 at 2013-12-26 00:18:00
你先检查一下是不是菌种悲剧了。划个带抗生素的板子重新挑个菌落做一下,或者重新转化挑菌落。

思前想后,我就是当时没有划板子直接摇菌。我今天已经重新画板子了。谢谢你的回复~
9楼2013-12-26 21:50:35
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ptccc

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by luwei13566 at 2013-12-26 02:06:38
1.提质粒浓度低 有可能是你提质粒没提好,细胞壁没破开,如果手提质粒不熟练就用试剂盒吧,也有可能是你保存质粒的菌染菌了~,接菌的培养基加抗性了吗?如果在加抗性的培养基里摇出来的菌提质粒还是浓度低,那就用你 ...

再问一句,什么是扎板保存?就是把挑完菌的平板留起来吗?
10楼2013-12-26 21:51:55
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