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宋伟同学

铜虫 (著名写手)

[交流] 如何设计RTPCR引物，用什么软件和网站。谢谢大神。 已有6人参与

是做果蝇的神经生物学，谢谢大神。
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1楼 2014-11-03 21:09:15
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honinglee

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-11-03 22:54:24
primer3.0或者primer premier 5.0破解版是常用的引物设计软件。至于RTPCR引物，研究过的基因最好用报导过的引物。没有研究过的基因要进行家族序列分析比对，根据研究目的挑选合适的区域，用前述软件进行设计。
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天下事有难易乎？为之，则难者亦易矣；不为，则易者亦难矣。
2楼2014-11-03 22:36:12
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圣主魂

新虫 (初入文坛)
★
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primer premier 6和oligo结合使用
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3楼2014-11-04 07:43:55
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浅笑微微

新虫 (初入文坛)
★
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primer primer 5，先调出基因序列才能设计
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4楼2014-11-04 15:40:21
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wendywan

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-11-04 22:52:45
我一般用两种方式来找RT-PCR primer，成功率高！
1 找文章中的已报到的引物，这个一般是99%的成功率，有时小杂志的primer有点不太完美。
2 直接在线设计，用NCBI中的blast，把mRNA序列放进去，长度100-400bp，挺好用的，或者有些把CD序列搁进去，primer-blast。选择3-4对进行合成即可。这个也基本上都会有想要的。

以上的引物p出来的产物，如果条带正确，挑选一两对测序下，看看产物是否正确。
这算是最简单的了，我感觉。不用费脑子。。。。呵呵
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每天都应该做点有意义的事情！
5楼2014-11-04 16:07:03
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wendywan

铁杆木虫 (小有名气)
是cds序列，更正一下。。
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每天都应该做点有意义的事情！
6楼2014-11-04 16:07:52
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cckk_2000

金虫 (小有名气)
★
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primer premier 5.0，设计好引物后，去NCBI网站BLAST一下，如果没有非特异扩增，说明能用
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科研炮灰
7楼2014-11-04 16:09:48
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德州陈希瑞

新虫 (初入文坛)
★
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prime5或是NCBI 在线设计引物
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8楼2014-11-04 20:40:04
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