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宋伟同学

铜虫 (著名写手)

[交流] 如何设计RTPCR引物,用什么软件和网站。谢谢大神。 已有6人参与

是做果蝇的神经生物学,谢谢大神。
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honinglee

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-11-03 22:54:24
primer3.0或者primer premier 5.0破解版是常用的引物设计软件。至于RTPCR引物,研究过的基因最好用报导过的引物。没有研究过的基因要进行家族序列分析比对,根据研究目的挑选合适的区域,用前述软件进行设计。
天下事有难易乎?为之,则难者亦易矣;不为,则易者亦难矣。
2楼2014-11-03 22:36:12
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圣主魂

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
primer premier 6和oligo结合使用
3楼2014-11-04 07:43:55
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浅笑微微

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
primer primer 5,先调出基因序列才能设计
4楼2014-11-04 15:40:21
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wendywan

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-11-04 22:52:45
我一般用两种方式来找RT-PCR primer,成功率高!
1 找文章中的已报到的引物,这个一般是99%的成功率,有时小杂志的primer有点不太完美。
2 直接在线设计,用NCBI中的blast,把mRNA序列放进去,长度100-400bp,挺好用的,或者有些把CD序列搁进去,primer-blast。选择3-4对进行合成即可。这个也基本上都会有想要的。

以上的引物p出来的产物,如果条带正确,挑选一两对测序下,看看产物是否正确。
这算是最简单的了,我感觉。不用费脑子。。。。呵呵
每天都应该做点有意义的事情!
5楼2014-11-04 16:07:03
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wendywan

铁杆木虫 (小有名气)

是cds序列,更正一下。。
每天都应该做点有意义的事情!
6楼2014-11-04 16:07:52
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cckk_2000

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
primer premier 5.0,设计好引物后,去NCBI网站BLAST一下,如果没有非特异扩增,说明能用
科研炮灰
7楼2014-11-04 16:09:48
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德州陈希瑞

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
prime5或是NCBI 在线设计引物
8楼2014-11-04 20:40:04
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