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新虫 (初入文坛)

[求助] 关于6%的尿素聚丙烯酰胺变性凝胶来跑RNA的一些问题

由于是第一次做这个,所以都是一大堆的问题,希望大家多多发言,谢谢。
我要建RNA测序文库,要筛选50-500bp大小的RNA,但是考虑到要固定RNA的二级结构,所以,要用6%的尿素聚丙烯酰胺变性凝胶来跑,我用的marker是•        Radiolabeled Decade and Century markers (Life Technologies)货号:am7778,这个marker,loading buffer是marker中带的,现在问题如下:
1.这个凝胶的配方是什么,是我们平时的蛋白胶的配方吗?就是水,30%丙烯酰胺,tris,sds,过硫酸铵,temed?是只有分离胶,没有浓缩胶哈?
2.电泳缓冲液的配方是什么,是我们平时跑蛋白的时候,用的tbe(tris,甘氨酸,edta)吗?还是有什么新的配方。
3.试验中需要注意些什么?比如说,电泳的时候,电泳buffer中需要加些什么东西吗?比如甲酰胺或者尿素,还有听说在上样的时候要吹上样孔?就是用电泳buffer反复清洗上样孔吗?
4.试验中都要保证是RNase free环境吗?怎么保证?
5.染胶用eb就可以嘛?切胶再在外线切胶台就ok?拍照的话,就是在紫外曝光仪中就可以嘛?
6.上样的时候loading buffer中还要加其他东西吗?像甲酰胺或者尿素之类的。
7.还有就是甲酰胺或者尿素这个东西在这个实验中要用到嘛?在哪一步用到?
问题就这么多?请大家踊跃发言,多谢多谢!
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zuohuaangel

铜虫 (小有名气)

我做过DNA的 你现在问题还需要答复吗
2楼2015-08-07 14:31:57
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