应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】变性聚丙烯酰胺电泳的marker怎么处理
101/1返回列表
查看: 2339  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

charster

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】变性聚丙烯酰胺电泳的marker怎么处理

实验室只有takara的DL2000， 该对marker进行变性处理，还是可以直接加入？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我收藏的···

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-11 23:19:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

holyala

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
charster(金币+2):谢谢参与
看天(金币+5): 2011-04-13 09:12:13
呃...双链DNA在变性胶里面自己就会变性了，双链变单链~~你的样品是什么？如果是双链DNA的话，非变性PAGE会比较合适一点吧。我建议不要在变性胶里用双链DNA marker，不然就会：1.不准；2.分不清marker位置。具体的可以见下图。这是两次SDS-PAGE的结果拼起来的，从左往右第一条泳道是 50bp 双链DNA marker，第二泳道是RNA样品，第三泳道是100~1000nt 单链RNA marker，第四泳道是另一个RNA样品。可以明显看到第一泳道的marker由于DNA解链而变得模糊不清了，有的条带由一条变成了两条...


[ Last edited by holyala on 2011-4-12 at 09:43 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-12 09:38:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by holyala at 2011-04-12 09:38:18:
呃...双链DNA在变性胶里面自己就会变性了，双链变单链~~你的样品是什么？如果是双链DNA的话，非变性PAGE会比较合适一点吧。我建议不要在变性胶里用双链DNA marker，不然就会：1.不准；2.分不清marker位置。具体的 ...

我的样品是双链DNA，该跑变性还是非变性呢？ 以前没做过，只是两个DNA片段相差39bp, 琼脂糖分离效果不好，才想用聚丙烯酰胺凝胶的。其实也不清楚变性和非变性的区别。望指点，谢谢啦
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-12 16:09:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

holyala

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by charster at 2011-04-12 16:09:27:
我的样品是双链DNA，该跑变性还是非变性呢？ 以前没做过，只是两个DNA片段相差39bp, 琼脂糖分离效果不好，才想用聚丙烯酰胺凝胶的。其实也不清楚变性和非变性的区别。望指点，谢谢啦

嗯...你是要做回收呢，还是仅仅做个鉴定？另外，这两个DNA片段大小大概是多少？100bp、500bp还是1kb以上？
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-12 16:46:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by holyala at 2011-04-12 16:46:22:
嗯...你是要做回收呢，还是仅仅做个鉴定？另外，这两个DNA片段大小大概是多少？100bp、500bp还是1kb以上？

要回收的，片段是200bp
赞一下 回复此楼
5楼2011-04-12 16:54:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

holyala

木虫 (著名写手)
看天(EPI+1): 2011-04-13 09:11:58
引用回帖:
Originally posted by charster at 2011-04-12 16:54:11:
要回收的，片段是200bp

那可以用10%~12%的非变性PAGE胶来跑，需要做个预实验来确定电泳的电压和时间。根据我的经验，大概120V，30~45min左右，用较低电压和较长时间会得到更好的效果。
另外，其实也可以试试琼脂糖电泳，2%高分辨率琼脂糖凝胶，100V 1.5~2h左右，200bp左右的片段存在25bp以上的差异可以区分得非常明显。例如下图，L1是50bp ladder，L2是25bp ladder（即每个条带间的差异是50bp和25bp）。呃，不过做回收貌似有点难~~呵呵。



[ Last edited by holyala on 2011-4-12 at 17:13 ]
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-04-12 17:07:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by holyala at 2011-04-12 17:07:13:
那可以用10%~12%的非变性PAGE胶来跑，需要做个预实验来确定电泳的电压和时间。根据我的经验，大概120V，30~45min左右，用较低电压和较长时间会得到更好的效果。
另外，其实也可以试试琼脂糖电泳，2%高分辨率 ...

双链DNA在变性的聚丙烯酰胺凝胶里跑出来是什么效果？
赞一下 回复此楼
7楼2011-04-12 21:55:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

holyala

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
reasonspare(金币+3): 第一次看到如此详细且附图的应助，赞一个 2011-04-13 11:37:11
引用回帖:
Originally posted by charster at 2011-04-12 21:55:51:
双链DNA在变性的聚丙烯酰胺凝胶里跑出来是什么效果？

请见第一张图最左边的泳道。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-04-13 09:09:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

她小她

银虫 (初入文坛)
★
charster(金币+2): 谢谢参与
变性聚丙烯酰胺电泳  请问，我在跑的时候marker 都没有跑开，为什么啊 ，电压么？？？真心 求助。
赞一下 回复此楼
9楼2014-07-21 22:49:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

她小她

银虫 (初入文坛)
现在 都混乱了，请问，我做核酸的想要找差异条带，做变性聚丙烯酰胺电泳，当中怎么没有使用SDS，而且，出现了分不开的状况，堆积在大板子左上角，不随电泳时间改变。
赞一下 回复此楼
10楼2014-07-21 22:51:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 charster 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭