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陈日飞

新虫 (初入文坛)

[求助] 高CG重复和连续序列怎么P出来 已有3人参与

1. 以下是我打算P的序列,引物设计决不是问题,但就是P不出来,一次P出来了大小还不对,求帮助
ttaaccctagaaagataatcatattgtgacgtacgttaaagataatcatgcgtaaaattgacgcatgtgttttatcggtctgtatatcgaggtttatttattaatttgaatagatattaagttttattatatttacacttacatactaataataaattcaacaaacaatttatttatgtttatttatttattaaaaaaaaacaaaaactcaaaatttcttctataaagtaacaaa
2. 下面这一段也是要P的,目的应该有800bp左右,但就是总P出300bp左右的条带。检查引物特异性,也没得说,好的很
cgttacataacttacggtaaatggcccgcctggctgaccgcccaacgacccccgcccattgacgtcaatagtaacgccaatagggactttccattgacgtcaatgggtggagtatttacggtaaactgcccacttggcagtacatcaagtgtatcatatgccaagtacgccccctattgacgtcaatgacggtaaatggcccgcctggcattgtgcccagtacatgaccttatgggactttcctacttggcagtacatctacgtattagtcatcgctattaccatggtcgaggtgagccccacgttctgcttcactctccccatctcccccccctccccacccccaattttgtatttatttattttttaattattttgtgcagcgatgggggcggggggggggggggggcgcgcgccaggcggggcggggcggggcgaggggcggggcggggcgaggcggagaggtgcggcggcagccaatcagagcggcgcgctccgaaagtttccttttatggcgaggcggcggcggcggcggccctataaaaagcgaagcgcgcggcgggcgggagtcgctgcgacgctgccttcgccccgtgccccgctccgccgccgcctcgcgccgcccgccccggctctgactgaccgcgttactcccacaggtgagcgggcgggacggcccttctcctccgggctgtaattagctgagcaagaggtaagggtttaagggatggttggttggtggggtattaatgtttaattacctggagcacctgcctgaaatcactttttttcaggttgg。非常高的连续G或C。
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jonew

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-10-06 12:34:10
那个也太高了吧  TAKARA LA taq啦 康为的 全式金的一般都有一些酶是针对高GC含量的Buffer,,我用过的La taq 就有高GC含量 buffer。你看看 ,好像全式金的HIFI 也有。。。。。。。
借口很贱,,,
2楼2014-10-05 22:39:34
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wshi85

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
内容已删除
很久没在虫虫上漂游了,觉得回归虫虫!
3楼2014-10-06 17:00:44
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陈日飞

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jonew at 2014-10-05 22:39:34
那个也太高了吧  TAKARA LA taq啦 康为的 全式金的一般都有一些酶是针对高GC含量的Buffer,,我用过的La taq 就有高GC含量 buffer。你看看 ,好像全式金的HIFI 也有。。。。。。。

都换三种酶了,还是没P出来
4楼2014-10-07 00:53:52
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jonew

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 陈日飞 at 2014-10-07 00:53:52
都换三种酶了,还是没P出来...

用高GC buffer 另外以前有人加DMSO
借口很贱,,,
5楼2014-10-07 11:17:09
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syn1985

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
陈日飞(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-10-07 18:27:21
陈日飞: 金币+27, ★★★很有帮助, 咨询了其他教授,也是这种办法,我试试 2014-10-08 15:17:21
我猜你这是链霉菌的模板 一定要用GC buffer TAKARA有两种: GC I 和GC II, 先用I试一下, 实在不行再用II,DMSO是必须加的,浓度是50ul体系里面加2.5的DMSO 还有就是退火温度要低 (我最低到40度)
我做过模板GC含量都在80以上的 就要这些方法 引物随便设 基因扩出来基本都是一条目的条带 扩过12Kb的高GC片段 一样好用
祝好运
6楼2014-10-07 11:32:10
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wshi85

木虫 (正式写手)

实在批不出来,送合成,将序列合成出来!我就合过高GC的序列,gc含量高达80%!
很久没在虫虫上漂游了,觉得回归虫虫!
7楼2014-10-08 16:01:48
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jwang1987

木虫 (小有名气)

用20%-30%的甘油水当水用P下试试
8楼2014-10-08 17:00:39
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djyang

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wshi85 at 2014-10-08 16:01:48
实在批不出来,送合成,将序列合成出来!我就合过高GC的序列,gc含量高达80%!

请问你是送哪个公司合成的?多少钱?
9楼2014-10-09 16:14:33
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wshi85

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by djyang at 2014-10-09 16:14:33
请问你是送哪个公司合成的?多少钱?...

我公司就是做全基因合成的!所以方便
很久没在虫虫上漂游了,觉得回归虫虫!
10楼2014-10-10 09:18:01
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