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_草山

金虫 (小有名气)

[求助] 请教一个关于RNA-seq数据的问题 已有4人参与

RNA测序完成后,每个样本生成R1,R2两个文件。
这R1,R2代表的是什么数据,是测序接头两个方向所产生的数据吗?
求指教!
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yinlizhangli

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-16 20:19:59
一般序列太长,测序时会从序列两端往中间测,也就是双向测通,测通后利用DNAMAN将两序列拼接,拼接时中间会有一段重叠部分,最后直接导出便可得到全长序列!
2楼2014-09-16 14:27:56
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_草山

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yinlizhangli at 2014-09-16 14:27:56
一般序列太长,测序时会从序列两端往中间测,也就是双向测通,测通后利用DNAMAN将两序列拼接,拼接时中间会有一段重叠部分,最后直接导出便可得到全长序列!

不是一般测序,是高通量RNA sequencing
3楼2014-09-16 15:23:22
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hlxxym

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-16 20:20:13
是不是剔除不好的reads和剔除前的结果?

楼主你的问题描述得不够具体,建议把整个文件夹截图发上来,比较好判断。
4楼2014-09-16 16:57:58
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wenhua2009

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看来你是Pair-end 测序了,R1 R2分别代表仪器测得的你建库插入片段的两端部分序列
5楼2014-09-28 22:33:09
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

高通量测序由于原理的限制,读长不会太长。illumina平台基本上100bp左右,这样子对测序后的拼接工作很不利。所以就有了双端测序,比如一段500bp(这个取决于你建库时的选择)的序列,我从两端分别测100bp,得到的就是_1和_2文件咯。_1和_2文件中的序列是成对的。
6楼2015-01-20 10:42:56
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