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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » TRFLP数据问题分析请教
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elbo

金虫 (小有名气)

[求助] TRFLP数据问题分析请教 已有1人参与

本人得到TRFLP的数据（excel格式），再mica网站上进行比对分析，但是输入的时候不知道具体格式是什么，网站上说明貌似需要片段大小和abudance两种数据，对于后面这个数据，不知道是用高度还是面积那个数据？ 另外，比对出来结果后，里面的nan是何意？还往做过TRFLP的老师，同学不吝赐教。
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1楼 2012-06-08 07:31:23
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-08 14:11:26
峰高或峰面积都可以的，统一用一种就可以了，粗略算相对含量用
比对出结果就完了呀，里面的NAN是指？？？
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
2楼2012-06-08 10:40:02
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elbo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by j2 at 2012-06-08 10:40:02
峰高或峰面积都可以的，统一用一种就可以了，粗略算相对含量用
比对出结果就完了呀，里面的NAN是指？？？

结果比对出来了，很多，怎么淘汰那些不相符的？另外里面一些uncultrable bacterium，怎么知道他们的信息，用Accession
吗？
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3楼2012-06-08 12:33:55
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by elbo at 2012-06-08 12:33:55
结果比对出来了，很多，怎么淘汰那些不相符的？另外里面一些uncultrable bacterium，怎么知道他们的信息，用Accession
吗？...

所有的结果你都有用？
根据样品判断同一片段的多种菌到底是哪种或可能的几种
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
4楼2012-06-08 12:42:58
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elbo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by j2 at 2012-06-08 12:42:58
所有的结果你都有用？
根据样品判断同一片段的多种菌到底是哪种或可能的几种...

我片段的数据进行了筛选，这样比对出来的结果也3000左右，太多了，难得一个一个筛选？
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5楼2012-06-09 08:12:06
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by j2 at 2012-06-08 10:40:02
峰高或峰面积都可以的，统一用一种就可以了，粗略算相对含量用
比对出结果就完了呀，里面的NAN是指？？？

最好是用峰面积和size，峰面积做出来的误差小
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6楼2012-11-09 11:13:53
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yuan-quan

银虫 (小有名气)
请问一下mica是什么？为什么我百度不到呢？我最近也在做TRFLP数据分析，也很纠结不知道怎么办
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加油
7楼2014-08-11 21:06:56
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cynlicious

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

Although developed for population genetic analysis, the general
procedure implemented by AMOVA and pairwise FST is flexible
enough to estimate the statistical significance of groups of bacterial
communities (Mengoni et al., 2009; Pini et al., 2012). Only
triplicate-reproducible peaks (present in the three replicates or
absent in the three replicates) were considered for taxonomic
interpretation using MiCA3 web tool (http://mica.ibest.uidaho.edu/
) (Shyu et al., 2007). The taxonomic classification was retrieved
from NCBI using the taxonomy status tool (http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi). The Krona hierarchical
data browser (http://sourceforge.net/p/krona/home/
krona/) was used to compare bacterial structure among uncultivated
soil, bulk soil and rhizosphere communities by a zoomable
exploration of pie charts.
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气顺，心顺，事顺。不要有功利心，耶！
8楼2016-03-23 13:56:22
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