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elbo

金虫 (小有名气)

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专业: 微生物生态学

[求助] TRFLP数据问题分析请教已有1人参与

本人得到TRFLP的数据（excel格式），再mica网站上进行比对分析，但是输入的时候不知道具体格式是什么，网站上说明貌似需要片段大小和abudance两种数据，对于后面这个数据，不知道是用高度还是面积那个数据？另外，比对出来结果后，里面的nan是何意？还往做过TRFLP的老师，同学不吝赐教。

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1楼2012-06-08 07:31:23

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cynlicious

新虫 (小有名气)

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专业: 环境微生物学

【答案】应助回帖

Although developed for population genetic analysis, the general
procedure implemented by AMOVA and pairwise FST is flexible
enough to estimate the statistical significance of groups of bacterial
communities (Mengoni et al., 2009; Pini et al., 2012). Only
triplicate-reproducible peaks (present in the three replicates or
absent in the three replicates) were considered for taxonomic
interpretation using MiCA3 web tool (http://mica.ibest.uidaho.edu/
) (Shyu et al., 2007). The taxonomic classification was retrieved
from NCBI using the taxonomy status tool (http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi). The Krona hierarchical
data browser (http://sourceforge.net/p/krona/home/
krona/) was used to compare bacterial structure among uncultivated
soil, bulk soil and rhizosphere communities by a zoomable
exploration of pie charts.