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elbo

金虫 (小有名气)

[求助] TRFLP数据问题分析请教 已有1人参与

本人得到TRFLP的数据(excel格式),再mica网站上进行比对分析,但是输入的时候不知道具体格式是什么,网站上说明貌似需要片段大小和abudance两种数据,对于后面这个数据,不知道是用高度还是面积那个数据? 另外,比对出来结果后,里面的nan是何意?还往做过TRFLP的老师,同学不吝赐教。
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elbo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by j2 at 2012-06-08 10:40:02
峰高或峰面积都可以的,统一用一种就可以了,粗略算相对含量用
比对出结果就完了呀,里面的NAN是指???

结果比对出来了,很多,怎么淘汰那些不相符的?另外里面一些uncultrable bacterium,怎么知道他们的信息,用Accession
吗?
3楼2012-06-08 12:33:55
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查看全部 8 个回答

j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-08 14:11:26
峰高或峰面积都可以的,统一用一种就可以了,粗略算相对含量用
比对出结果就完了呀,里面的NAN是指???
修炼ing,当虫仙……
2楼2012-06-08 10:40:02
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by elbo at 2012-06-08 12:33:55
结果比对出来了,很多,怎么淘汰那些不相符的?另外里面一些uncultrable bacterium,怎么知道他们的信息,用Accession
吗?...

所有的结果你都有用?
根据样品判断同一片段的多种菌到底是哪种或可能的几种
修炼ing,当虫仙……
4楼2012-06-08 12:42:58
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elbo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by j2 at 2012-06-08 12:42:58
所有的结果你都有用?
根据样品判断同一片段的多种菌到底是哪种或可能的几种...

我片段的数据进行了筛选,这样比对出来的结果也3000左右,太多了,难得一个一个筛选?
5楼2012-06-09 08:12:06
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