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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » TRFLP数据问题分析请教
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elbo

金虫 (小有名气)

[求助] TRFLP数据问题分析请教 已有1人参与

本人得到TRFLP的数据（excel格式），再mica网站上进行比对分析，但是输入的时候不知道具体格式是什么，网站上说明貌似需要片段大小和abudance两种数据，对于后面这个数据，不知道是用高度还是面积那个数据？ 另外，比对出来结果后，里面的nan是何意？还往做过TRFLP的老师，同学不吝赐教。
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1楼 2012-06-08 07:31:23
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elbo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by j2 at 2012-06-08 10:40:02
峰高或峰面积都可以的，统一用一种就可以了，粗略算相对含量用
比对出结果就完了呀，里面的NAN是指？？？

结果比对出来了，很多，怎么淘汰那些不相符的？另外里面一些uncultrable bacterium，怎么知道他们的信息，用Accession
吗？
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3楼2012-06-08 12:33:55
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-08 14:11:26
峰高或峰面积都可以的，统一用一种就可以了，粗略算相对含量用
比对出结果就完了呀，里面的NAN是指？？？
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
2楼2012-06-08 10:40:02
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by elbo at 2012-06-08 12:33:55
结果比对出来了，很多，怎么淘汰那些不相符的？另外里面一些uncultrable bacterium，怎么知道他们的信息，用Accession
吗？...

所有的结果你都有用？
根据样品判断同一片段的多种菌到底是哪种或可能的几种
赞一下 回复此楼
修炼ｉｎｇ，当虫仙……
4楼2012-06-08 12:42:58
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elbo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by j2 at 2012-06-08 12:42:58
所有的结果你都有用？
根据样品判断同一片段的多种菌到底是哪种或可能的几种...

我片段的数据进行了筛选，这样比对出来的结果也3000左右，太多了，难得一个一个筛选？
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5楼2012-06-09 08:12:06
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