24小时热门版块排行榜    

查看: 2276  |  回复: 5

_草山

金虫 (小有名气)

[求助] 请教一个关于RNA-seq数据的问题 已有4人参与

RNA测序完成后,每个样本生成R1,R2两个文件。
这R1,R2代表的是什么数据,是测序接头两个方向所产生的数据吗?
求指教!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinlizhangli

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-16 20:19:59
一般序列太长,测序时会从序列两端往中间测,也就是双向测通,测通后利用DNAMAN将两序列拼接,拼接时中间会有一段重叠部分,最后直接导出便可得到全长序列!
2楼2014-09-16 14:27:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_草山

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yinlizhangli at 2014-09-16 14:27:56
一般序列太长,测序时会从序列两端往中间测,也就是双向测通,测通后利用DNAMAN将两序列拼接,拼接时中间会有一段重叠部分,最后直接导出便可得到全长序列!

不是一般测序,是高通量RNA sequencing
3楼2014-09-16 15:23:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hlxxym

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-16 20:20:13
是不是剔除不好的reads和剔除前的结果?

楼主你的问题描述得不够具体,建议把整个文件夹截图发上来,比较好判断。
4楼2014-09-16 16:57:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenhua2009

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看来你是Pair-end 测序了,R1 R2分别代表仪器测得的你建库插入片段的两端部分序列
5楼2014-09-28 22:33:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

高通量测序由于原理的限制,读长不会太长。illumina平台基本上100bp左右,这样子对测序后的拼接工作很不利。所以就有了双端测序,比如一段500bp(这个取决于你建库时的选择)的序列,我从两端分别测100bp,得到的就是_1和_2文件咯。_1和_2文件中的序列是成对的。
6楼2015-01-20 10:42:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 _草山 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工 +4 安全上岸! 2026-03-16 4/200 2026-03-17 14:02 by 勇敢太监王公公
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +4 梨花珞晚风 2026-03-17 4/200 2026-03-17 13:38 by houyaoxu
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化,一志愿:哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧, 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 331求调剂(0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 材料371求调剂 +9 鳄鱼? 2026-03-11 11/550 2026-03-13 22:53 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见