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nonglong1

金虫 (正式写手)

[交流] 几条序列注释为同一个基因，但这几条序列却拼接不上，相似行也不高

RNA-seq得到的转录组数据的几条序列注释为同一个基因，NCBI比对结果也是同样的基因，但这几条序列却拼接不上，相似行也不高。
有没有高手知道这是怎么回事？
是由于可变剪接的问题吗？还是序列本身注释的不对？

谢谢热心的虫友！
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1楼 2013-04-01 17:37:38
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schkk

至尊木虫 (正式写手)
★
nonglong1(金币+1): 谢谢参与
这几条数据都多长?
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3楼2013-04-01 23:57:28
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nonglong1

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by schkk at 2013-04-01 23:57:28
这几条数据都多长?

500到1000多bp, 有些序列有2000多bp，这些序列是转录组拼接后的结果。
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4楼2013-04-02 00:05:11
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longanzz

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
nonglong1(金币+1): 谢谢参与
xy656691: 金币+5, 有帮助 2013-04-02 13:00:15
你看看你的序列是不是按照开放阅读框的序列给的，如果不是最好按照开放阅读框的序列在拼接。NCBI上比对的话，只要是这个基因的序列（可以是反向序列，互补序列）都可以比对上。你把所有片段按照开放阅读框的序列排列，在比对找出差异就可以比对上了。祝好运！

[ Last edited by longanzz on 2013-4-2 at 14:40 ]
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5楼2013-04-02 07:38:27
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jgjg_1981

铁虫 (小有名气)
★
nonglong1(金币+1): 谢谢参与
有可能是同源基因
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6楼2013-04-02 16:56:12
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nonglong1

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by longanzz at 2013-04-02 07:38:27
你看看你的序列是不是按照开放阅读框的序列给的，如果不是最好按照开放阅读框的序列在拼接。NCBI上比对的话，只要是这个基因的序列（可以是反向序列，互补序列）都可以比对上。你把所有片段按照开放阅读框的序列排列 ...

你用的什么方法比对？怎样将片段“按照开放阅读框的序列排列”？我不是很理解，谢谢。
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7楼2013-04-02 18:29:19
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longanzz

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by nonglong1 at 2013-04-02 18:29:19
你用的什么方法比对？怎样将片段“按照开放阅读框的序列排列”？我不是很理解，谢谢。...

一种比较麻烦的方法是，用DNAMAN 软件分析你认为是全长序列，看看能不能翻译成一个完整的蛋白序列，如果可以就有可能是完整的开放阅读框序列。如果不能翻译，把序列重新调整。一个完整的开放阅读框序列一般可以翻译成一个完整的蛋白序列。多试一下了。祝：好运！
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8楼2013-04-02 19:57:49
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nonglong1

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by longanzz at 2013-04-02 19:57:49
一种比较麻烦的方法是，用DNAMAN 软件分析你认为是全长序列，看看能不能翻译成一个完整的蛋白序列，如果可以就有可能是完整的开放阅读框序列。如果不能翻译，把序列重新调整。一个完整的开放阅读框序列一般可以翻译 ...

DNAMAN分析ORF就是给出6种编码框顺序，你说的“把序列重新调整”，具体要怎么操作？
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9楼2013-04-03 10:05:56
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nonglong1

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jgjg_1981 at 2013-04-02 16:56:12
有可能是同源基因

如果这些序列不是同一个基因，到NCBI比对也得不到结果，我要怎么确认这些是什么基因呢？
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10楼2013-04-03 10:08:23
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yingying15882楼
2013-04-01 21:48   回复  
nonglong1(金币+1): 谢谢参与
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