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nonglong1

金虫 (正式写手)


[交流] 几条序列注释为同一个基因,但这几条序列却拼接不上,相似行也不高

RNA-seq得到的转录组数据的几条序列注释为同一个基因,NCBI比对结果也是同样的基因,但这几条序列却拼接不上,相似行也不高。
有没有高手知道这是怎么回事?
是由于可变剪接的问题吗?还是序列本身注释的不对?

谢谢热心的虫友!
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longanzz

至尊木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
nonglong1(金币+1): 谢谢参与
xy656691: 金币+5, 有帮助 2013-04-02 13:00:15
你看看你的序列是不是按照开放阅读框的序列给的,如果不是最好按照开放阅读框的序列在拼接。NCBI上比对的话,只要是这个基因的序列(可以是反向序列,互补序列)都可以比对上。你把所有片段按照开放阅读框的序列排列,在比对找出差异就可以比对上了。祝好运!

[ Last edited by longanzz on 2013-4-2 at 14:40 ]
5楼2013-04-02 07:38:27
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查看全部 10 个回答

schkk

至尊木虫 (正式写手)



nonglong1(金币+1): 谢谢参与
这几条数据都多长?
3楼2013-04-01 23:57:28
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nonglong1

金虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by schkk at 2013-04-01 23:57:28
这几条数据都多长?

500到1000多bp, 有些序列有2000多bp,这些序列是转录组拼接后的结果。
4楼2013-04-02 00:05:11
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jgjg_1981

铁虫 (小有名气)



nonglong1(金币+1): 谢谢参与
有可能是同源基因
6楼2013-04-02 16:56:12
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