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nonglong1

金虫 (正式写手)


[交流] 转录组RNA-seq序列组装

大家来讨论下:
为什么转录组序列组装会有短的unigene或是不完整的编码区的unigene。
为什么不能组装成一条条完整的转录本?
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growlywolf

金虫 (小有名气)



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转录组测序本来就是把cDNA随机打断之后建库测的,拼不完整很正常。
18楼2014-11-22 09:59:05
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nonglong1

金虫 (正式写手)


引用回帖:
18楼: Originally posted by growlywolf at 2014-11-22 09:59:05
转录组测序本来就是把cDNA随机打断之后建库测的,拼不完整很正常。

没有拼出来的序列是测序深度不够?所以没有测出来吗?还是已经测序出来了,但是没有拼接起来
19楼2014-11-22 22:21:29
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growlywolf

金虫 (小有名气)



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引用回帖:
19楼: Originally posted by nonglong1 at 2014-11-22 22:21:29
没有拼出来的序列是测序深度不够?所以没有测出来吗?还是已经测序出来了,但是没有拼接起来...

建库不完整,测序深度不够,拼接不完全(重复序列)都有可能

[ 发自小木虫客户端 ]
20楼2014-11-23 10:45:58
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an0ta

铜虫 (小有名气)



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好像外源RNA污染(主要是微生物的)也会造成这种结果
22楼2015-01-22 19:42:48
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2014-11-20 16:42   回复  
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yaoyao1454楼
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time8811楼
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deweini15楼
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u029902521楼
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