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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组RNA-seq序列组装
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nonglong1

金虫 (正式写手)

[交流] 转录组RNA-seq序列组装

大家来讨论下:
为什么转录组序列组装会有短的unigene或是不完整的编码区的unigene。
为什么不能组装成一条条完整的转录本？
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1楼 2014-11-20 16:41:33
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growlywolf

金虫 (小有名气)
★
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转录组测序本来就是把cDNA随机打断之后建库测的，拼不完整很正常。
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18楼2014-11-22 09:59:05
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nonglong1

金虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by growlywolf at 2014-11-22 09:59:05
转录组测序本来就是把cDNA随机打断之后建库测的，拼不完整很正常。

没有拼出来的序列是测序深度不够？所以没有测出来吗？还是已经测序出来了，但是没有拼接起来
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19楼2014-11-22 22:21:29
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growlywolf

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
19楼: Originally posted by nonglong1 at 2014-11-22 22:21:29
没有拼出来的序列是测序深度不够？所以没有测出来吗？还是已经测序出来了，但是没有拼接起来...

建库不完整，测序深度不够，拼接不完全(重复序列)都有可能

[ 发自小木虫客户端 ]
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20楼2014-11-23 10:45:58
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an0ta

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
好像外源RNA污染（主要是微生物的）也会造成这种结果
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22楼2015-01-22 19:42:48
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cxjzly20082楼
2014-11-20 16:42   回复  
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天堂方向3楼
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yaoyao1454楼
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chentao5楼
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wang_91126楼
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dmbb7楼
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假大空8楼
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qqaoqq9楼
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专送一血10楼
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time8811楼
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qqllqq12楼
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sz_kebaoyuan13楼
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小虫199214楼
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deweini15楼
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jianing11916楼
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shenrenren17楼
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u029902521楼
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