24小时热门版块排行榜    

查看: 1432  |  回复: 10

茗梵

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] Pb2H4优化选择什么基组合适已有2人参与

优化出pb2h4,并可以用AIM正确分析Pb-Pb键,求大神帮忙
回复此楼
加油!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2014-04-18 18:35:37
茗梵: 金币+5, ★★★很有帮助, 很热心,三克油 2014-04-21 16:04:24
Pb是第六周期元素所以要用赝势基组用的比较多的就是sdd、lanl2dz和def2-TZVPP等等,你可以到EMSL(https://bse.pnl.gov/bse/portal)上选择,而对于氢,则可以用大一点的全电子基组,如果aug-cc-pvtz或者6-311++g(2d,p)等等啦!至于你说要做AIM分析,不建议用高斯去做,一方面用高斯做AIM经常出错,而且对于有赝势的体系处理是个big bug,在保留chk文件之后转换成.fch文件,放到Multiwfn做拓扑分析,http://hi.baidu.com/sobereva/item/896ee3a19f6d7d3c020a4d76。这里面有Sob姐关于Multiwfn的详细教程,很简单的!
平生多磨砺,男儿自横行!
2楼2014-04-18 17:06:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

茗梵

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by youyno at 2014-04-18 17:06:57
Pb是第六周期元素所以要用赝势基组用的比较多的就是sdd、lanl2dz和def2-TZVPP等等,你可以到EMSL(https://bse.pnl.gov/bse/portal)上选择,而对于氢,则可以用大一点的全电子基组,如果aug-cc-pvtz或者6-311++g( ...

你好,我用def-tzvpp优化的,H选的aug-cc-pvdz,为什么一直优化都有虚频呢,用的hf方法,虚频在-90多,而且构型也不太正常
加油!
3楼2014-04-20 20:03:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youyno

银虫 (正式写手)

★ ★
gmy1990: 金币+2 2014-04-20 23:00:53
引用回帖:
3楼: Originally posted by 茗梵 at 2014-04-20 20:03:40
你好,我用def-tzvpp优化的,H选的aug-cc-pvdz,为什么一直优化都有虚频呢,用的hf方法,虚频在-90多,而且构型也不太正常...

虚频的存在可能是采用的方法或者基组不当,如果只有一个虚频而且值不是很大,像你这样-90多,可以参照论坛里一些消虚频的方法,像根据虚频坐标微调构型;另外一种可能就是这种物质是亚稳的,但是相对于过渡态又稳定一点!
平生多磨砺,男儿自横行!
4楼2014-04-20 21:54:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

茗梵

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by youyno at 2014-04-20 21:54:59
虚频的存在可能是采用的方法或者基组不当,如果只有一个虚频而且值不是很大,像你这样-90多,可以参照论坛里一些消虚频的方法,像根据虚频坐标微调构型;另外一种可能就是这种物质是亚稳的,但是相对于过渡态又稳定 ...

最初算出来是-700多的虚频,这是已经调整构型以后的值,已经不是想要的构型了,是物质的问题还是方法问题呢
加油!
5楼2014-04-21 14:36:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youyno

银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 茗梵 at 2014-04-21 14:36:06
最初算出来是-700多的虚频,这是已经调整构型以后的值,已经不是想要的构型了,是物质的问题还是方法问题呢...

那开始有-700多虚频的构型是你想要的吗?如果是那就是物质的问题了吧!
平生多磨砺,男儿自横行!
6楼2014-04-21 14:47:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

永远的跳跳糖

铁虫 (小有名气)

好无奈的说
7楼2014-04-21 15:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-04-21 18:46:56
茗梵: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 十分感谢 2014-04-22 08:37:53
建议对Pb用cc-pVTZ-PP赝势基组,对H用cc-pVTZ
之所以用cc-pVTZ-PP而不是其它的赝势基组,是因为SDD、lanl2DZ、lanl08之类赝势基组都是大核的,表现不了Pb的亚价层电子,这样会导致AIM分析不准确。详见此文讨论《在赝势下做波函数分析的一些说明》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/ed2f57e743c1be11595dd8c8

另外,也可以在赝势下优化结构(不限于cc-pVTZ-PP),最后对Pb用SARC-DKH结合int=dkh2来做全电子相对论计算。这样的好处是可以把内核电子表现出来,做AIM分析时会比较方便(优化时就在这个级别也可以,但是注意DKH2没有解析梯度)。

如前面回复所述,做AIM分析用Multiwfn就行了。AIM拓扑分析可参考《使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/c84fa5089156806dd55a11c3),AIM盆分析可参考手册4.17.1节。
8楼2014-04-21 16:16:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009: 金币+5 2014-04-22 05:50:51
对于虚频问题,在使用上述基组基础上,注意优化时加上opt=tight或verytight关键词,当使用DFT时,结合int=ultrafine。如果虚频还在,在之前优化好的结构基础上加上opt=calcall继续优化,虽然昂贵,但必定能解决虚频问题。

虚频和基组没有必然关系,只要充分优化好,就不会有虚频。
另外,对氢不建议用aug-cc-pVDZ,因为必定结果不如cc-pVTZ,弥散函数对于氢原子几乎起不到任何用处。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

9楼2014-04-21 16:20:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zhou2009: 金币+4 2014-04-22 05:48:26
zhou2009: 金币-4, 对不起,错发 2014-04-22 05:50:04
zhou2009: 金币+1 2014-04-22 05:52:25
引用回帖:
9楼: Originally posted by sobereva at 2014-04-21 16:20:08
对于虚频问题,在使用上述基组基础上,注意优化时加上opt=tight或verytight关键词,当使用DFT时,结合int=ultrafine。如果虚频还在,在之前优化好的结构基础上加上opt=calcall继续优化,虽然昂贵,但必定能解决虚频 ...

哈哈!说了是陋见,让Sob姐见笑啦!
平生多磨砺,男儿自横行!
10楼2014-04-21 21:17:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 茗梵 的主题更新
信息提示
请填处理意见