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茗梵

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] Pb2H4优化选择什么基组合适 已有2人参与

优化出pb2h4，并可以用AIM正确分析Pb-Pb键，求大神帮忙
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加油！
1楼 2014-04-18 16:39:13
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youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2014-04-18 18:35:37
茗梵: 金币+5, ★★★很有帮助, 很热心，三克油 2014-04-21 16:04:24
Pb是第六周期元素所以要用赝势基组用的比较多的就是sdd、lanl2dz和def2-TZVPP等等，你可以到EMSL（https://bse.pnl.gov/bse/portal）上选择，而对于氢，则可以用大一点的全电子基组，如果aug-cc-pvtz或者6-311++g（2d，p）等等啦！至于你说要做AIM分析，不建议用高斯去做，一方面用高斯做AIM经常出错，而且对于有赝势的体系处理是个big bug，在保留chk文件之后转换成.fch文件，放到Multiwfn做拓扑分析，http://hi.baidu.com/sobereva/item/896ee3a19f6d7d3c020a4d76。这里面有Sob姐关于Multiwfn的详细教程，很简单的！
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平生多磨砺，男儿自横行！
2楼2014-04-18 17:06:57
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普通回帖

茗梵

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by youyno at 2014-04-18 17:06:57
Pb是第六周期元素所以要用赝势基组用的比较多的就是sdd、lanl2dz和def2-TZVPP等等，你可以到EMSL（https://bse.pnl.gov/bse/portal）上选择，而对于氢，则可以用大一点的全电子基组，如果aug-cc-pvtz或者6-311++g（ ...

你好，我用def-tzvpp优化的，H选的aug-cc-pvdz，为什么一直优化都有虚频呢，用的hf方法，虚频在-90多，而且构型也不太正常
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加油！
3楼2014-04-20 20:03:40
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youyno

银虫 (正式写手)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2014-04-20 23:00:53
引用回帖:
3楼: Originally posted by 茗梵 at 2014-04-20 20:03:40
你好，我用def-tzvpp优化的，H选的aug-cc-pvdz，为什么一直优化都有虚频呢，用的hf方法，虚频在-90多，而且构型也不太正常...

虚频的存在可能是采用的方法或者基组不当，如果只有一个虚频而且值不是很大，像你这样-90多，可以参照论坛里一些消虚频的方法，像根据虚频坐标微调构型;另外一种可能就是这种物质是亚稳的，但是相对于过渡态又稳定一点！
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4楼2014-04-20 21:54:59
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茗梵

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by youyno at 2014-04-20 21:54:59
虚频的存在可能是采用的方法或者基组不当，如果只有一个虚频而且值不是很大，像你这样-90多，可以参照论坛里一些消虚频的方法，像根据虚频坐标微调构型;另外一种可能就是这种物质是亚稳的，但是相对于过渡态又稳定 ...

最初算出来是-700多的虚频，这是已经调整构型以后的值，已经不是想要的构型了，是物质的问题还是方法问题呢
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加油！
5楼2014-04-21 14:36:06
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youyno

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 茗梵 at 2014-04-21 14:36:06
最初算出来是-700多的虚频，这是已经调整构型以后的值，已经不是想要的构型了，是物质的问题还是方法问题呢...

那开始有-700多虚频的构型是你想要的吗？如果是那就是物质的问题了吧！
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6楼2014-04-21 14:47:25
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永远的跳跳糖

铁虫 (小有名气)
好无奈的说
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7楼2014-04-21 15:35:38
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-04-21 18:46:56
茗梵: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 十分感谢 2014-04-22 08:37:53
建议对Pb用cc-pVTZ-PP赝势基组，对H用cc-pVTZ
之所以用cc-pVTZ-PP而不是其它的赝势基组，是因为SDD、lanl2DZ、lanl08之类赝势基组都是大核的，表现不了Pb的亚价层电子，这样会导致AIM分析不准确。详见此文讨论《在赝势下做波函数分析的一些说明》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/ed2f57e743c1be11595dd8c8）

另外，也可以在赝势下优化结构（不限于cc-pVTZ-PP），最后对Pb用SARC-DKH结合int=dkh2来做全电子相对论计算。这样的好处是可以把内核电子表现出来，做AIM分析时会比较方便（优化时就在这个级别也可以，但是注意DKH2没有解析梯度）。

如前面回复所述，做AIM分析用Multiwfn就行了。AIM拓扑分析可参考《使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/c84fa5089156806dd55a11c3），AIM盆分析可参考手册4.17.1节。
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8楼2014-04-21 16:16:22
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sobereva

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【答案】应助回帖

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zhou2009: 金币+5 2014-04-22 05:50:51
对于虚频问题，在使用上述基组基础上，注意优化时加上opt=tight或verytight关键词，当使用DFT时，结合int=ultrafine。如果虚频还在，在之前优化好的结构基础上加上opt=calcall继续优化，虽然昂贵，但必定能解决虚频问题。

虚频和基组没有必然关系，只要充分优化好，就不会有虚频。
另外，对氢不建议用aug-cc-pVDZ，因为必定结果不如cc-pVTZ，弥散函数对于氢原子几乎起不到任何用处。
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茗梵
9楼2014-04-21 16:20:08
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youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zhou2009: 金币+4 2014-04-22 05:48:26
zhou2009: 金币-4, 对不起，错发 2014-04-22 05:50:04
zhou2009: 金币+1 2014-04-22 05:52:25
引用回帖:
9楼: Originally posted by sobereva at 2014-04-21 16:20:08
对于虚频问题，在使用上述基组基础上，注意优化时加上opt=tight或verytight关键词，当使用DFT时，结合int=ultrafine。如果虚频还在，在之前优化好的结构基础上加上opt=calcall继续优化，虽然昂贵，但必定能解决虚频 ...

哈哈！说了是陋见，让Sob姐见笑啦！
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10楼2014-04-21 21:17:09
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