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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化
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fhqdddddd

新虫 (小有名气)

[交流] 基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化 已有5人参与

这个文章提供了N50，N90的准确定义和相关的程序。欢迎大家引用这个文章和程序。引用程序时，请一定说明出处。
这个文章提供了N50，N90的准确定义和相关的程序。欢迎大家引用这个文章和程序。引用程序时，请一定说明出处。 http://journal.kib.ac.cn/CN/abstract/abstract3092.shtml
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magy2006

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1楼 2012-12-14 15:14:54
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wizardfan: 金币+2, 谢谢分享 2012-12-15 07:39:20
我也来分享两个类似的paper吧
# 454数据的denovo拼接软件比较：Mundry, M. et.al. 2012. Evaluating characteristics of de novo assembly software on 454 transcriptome data: a simulation approach. PLoS ONE
# RNA-seq数据分析软件的比较（包含了denovo拼接和mapping，以及定量，寻找差异基因等）：Manuel Garber. et.al. 2011. Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq. Nature Methods
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2楼2012-12-14 17:14:37
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heima123

木虫 (正式写手)
很好，谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2012-12-15 08:13:16
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magy2006

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
干嘛不把文献直接附上呢？毕竟很多虫友下文献不是很方便，举手之劳，好事就要做到家呀。
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4楼2012-12-17 19:20:57
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xiangqianfd

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-14 17:14:37
我也来分享两个类似的paper吧
# 454数据的denovo拼接软件比较：Mundry, M. et.al. 2012. Evaluating characteristics of de novo assembly software on 454 transcriptome data: a simulation approach. PL ...

分享。明天看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2012-12-18 00:06:48
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xiangqianfd

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-14 17:14:37
我也来分享两个类似的paper吧
# 454数据的denovo拼接软件比较：Mundry, M. et.al. 2012. Evaluating characteristics of de novo assembly software on 454 transcriptome data: a simulation approach. PL ...

分享。明天看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2012-12-18 00:06:55
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by magy2006 at 2012-12-17 19:20:57
干嘛不把文献直接附上呢？毕竟很多虫友下文献不是很方便，举手之劳，好事就要做到家呀。

感谢你的建议，我当时没多想，以为不大会有人感兴趣，而感兴趣的人也许都看过了。
现在附上paper
1 全文链接 http://www.plosone.org/article/i ... ournal.pone.0031410
#注：PLoS ONE为Open acess，不需要购买权限，所以我就不上传了，仅提供链接。
2 全文见此 http://1000eb.com/2hd1
# 发现小木虫高级回复只能上传图片附件，文件附件需要使用网盘，所以用了一个别人已经上传的地址，我刚才已经下载验证ok了。
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7楼2012-12-18 09:07:05
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magy2006

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
8楼2012-12-18 14:47:15
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luoboswu
9楼2013-08-29 10:44:19
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