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小小树虫

银虫 (小有名气)

[交流] 转录组差异基因寻找(植物病理跟生信的大神留步!!!) 已有1人参与

已获得两个转录组样品的数据(真菌侵染的样品和健康植株CK样品),现欲寻找病原互作相关基因进行RNAi功能验证。 下面是问题:

在plant-pathogen interaction 的Pathway通路中有fungal PAMP / Ca2+ / Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu / Bacterial secretion system / PRRs 等一些子信号传导通路,我的问题是我:做的是真菌与剑麻(热带植物)互作的致病相关基因的研究,那些比如:Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu / Bacterial secretion system 信号通路中的上调基因或下调基因对本研究是否有意义? 有没有必要拿出来做RNAi,因为也要考虑工作量的问题。 有请对这方面比较懂的大虾帮忙分析分析,非常谢谢!

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[ Last edited by 小小树虫 on 2013-4-4 at 11:25 ]
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haiven

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1、你的图和表述没有很好的对应,图中红色代表上调的基因吗?
2、做RNAi,建议你选择关键通路中表达上调的关键酶/基因。
走进你,温暖我,迷失于这个世界!
2楼2013-04-04 22:34:52
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小小树虫

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by haiven at 2013-04-04 22:34:52
1、你的图和表述没有很好的对应,图中红色代表上调的基因吗?
2、做RNAi,建议你选择关键通路中表达上调的关键酶/基因。

1. 图中只显示了一部分:Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu的有; 红色是上调基因;
2. 你的意思是与细菌有关的也做?只要是上调的关键酶/基因?
3楼2013-04-07 17:34:04
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haiven

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 小小树虫 at 2013-04-07 17:34:04
1. 图中只显示了一部分:Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu的有; 红色是上调基因;
2. 你的意思是与细菌有关的也做?只要是上调的关键酶/基因?...

是的。当然要结合对基因背景的了解。。
走进你,温暖我,迷失于这个世界!
4楼2013-04-10 06:39:32
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