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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组差异基因寻找(植物病理跟生信的大神留步！！！)
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小小树虫

银虫 (小有名气)

[交流] 转录组差异基因寻找(植物病理跟生信的大神留步！！！) 已有1人参与

已获得两个转录组样品的数据（真菌侵染的样品和健康植株CK样品），现欲寻找病原互作相关基因进行RNAi功能验证。 下面是问题：

在plant-pathogen interaction 的Pathway通路中有fungal PAMP / Ca2+ / Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu / Bacterial secretion system / PRRs 等一些子信号传导通路，我的问题是我：做的是真菌与剑麻（热带植物）互作的致病相关基因的研究，那些比如：Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu / Bacterial secretion system 信号通路中的上调基因或下调基因对本研究是否有意义？ 有没有必要拿出来做RNAi，因为也要考虑工作量的问题。 有请对这方面比较懂的大虾帮忙分析分析，非常谢谢！

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[ Last edited by 小小树虫 on 2013-4-4 at 11:25 ]
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1楼 2013-04-04 11:20:45
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haiven

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1、你的图和表述没有很好的对应，图中红色代表上调的基因吗？
2、做RNAi，建议你选择关键通路中表达上调的关键酶/基因。
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2楼2013-04-04 22:34:52
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小小树虫

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by haiven at 2013-04-04 22:34:52
1、你的图和表述没有很好的对应，图中红色代表上调的基因吗？
2、做RNAi，建议你选择关键通路中表达上调的关键酶/基因。

1. 图中只显示了一部分：Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu的有； 红色是上调基因；
2. 你的意思是与细菌有关的也做？只要是上调的关键酶/基因？
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3楼2013-04-07 17:34:04
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haiven

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 小小树虫 at 2013-04-07 17:34:04
1. 图中只显示了一部分：Bacterial flagellin / Bacterial EF-Tu的有； 红色是上调基因；
2. 你的意思是与细菌有关的也做？只要是上调的关键酶/基因？...

是的。当然要结合对基因背景的了解。。
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4楼2013-04-10 06:39:32
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