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馨の徽章

新虫 (初入文坛)

[求助] RNA测序的问题已有1人参与

最近拿到了数字基因表达谱测序的数据,作为一个非生物专业的人,看到这些数据真的不知所措啊~~里边的GO富集和KEGG富集部分内容都看不懂,不明白什么意思,求大神帮助~想找点这方面的资料或书籍看一下,请问能给我推荐一下吗?
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洛基殿下~

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GO富集,就是将表达差异显著的基因按照三大标准进行聚类(基因的功能,参与代谢的过程,基因产物的定位),然后你就可以根据您感兴趣的部分来寻找可能的基因,比如:你关心的是与细胞膜生成功能相关的性状,那么你将关注点放在聚类到膜细胞膜生成的差异基因上。
KEGG富集,和GO富集很像,只不过是将表达差异显著的基因聚类到不同的代谢通路上。

如果你的疑问很多,建议你找测序的销售或者技术支持具体询问。我目前看的书是高山老师的《R语言与Bioconductor生物信息学应用》,在亚马逊上买的。
2楼2014-04-18 17:09:12
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馨の徽章

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 洛基殿下~ at 2014-04-18 17:09:12
GO富集,就是将表达差异显著的基因按照三大标准进行聚类(基因的功能,参与代谢的过程,基因产物的定位),然后你就可以根据您感兴趣的部分来寻找可能的基因,比如:你关心的是与细胞膜生成功能相关的性状,那么你将 ...

好的,谢谢~我想再找找这方面的文献看下,试试能不能搞明白~~不知道多久才能把文章搞定啊~~
3楼2014-04-20 10:14:10
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洛基殿下~

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 馨の徽章 at 2014-04-20 10:14:10
好的,谢谢~我想再找找这方面的文献看下,试试能不能搞明白~~不知道多久才能把文章搞定啊~~...

这个就不好说了,如果你在测序前已经明确了想要解决的生物学问题,那么后续就比较快。但是如果测序前没想清楚的话,工程量就大些
4楼2014-04-21 10:31:21
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灼璃之心

铁虫 (初入文坛)


【答案】应助回帖

不知道您是什么背景的,如果不是做生物信息学的,那么理解起来可能比较困难。但是具体到某个项目上,或者说具体到paper里,那还是比较好解决的。。
5楼2014-05-03 16:33:30
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