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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教一个关于RNA-seq数据的问题
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_草山

金虫 (小有名气)

[求助] 请教一个关于RNA-seq数据的问题 已有4人参与

RNA测序完成后，每个样本生成R1，R2两个文件。
这R1，R2代表的是什么数据，是测序接头两个方向所产生的数据吗？
求指教！
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1楼 2014-09-16 12:54:13
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yinlizhangli

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-16 20:19:59
一般序列太长，测序时会从序列两端往中间测，也就是双向测通，测通后利用DNAMAN将两序列拼接，拼接时中间会有一段重叠部分，最后直接导出便可得到全长序列！
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2楼2014-09-16 14:27:56
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_草山

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yinlizhangli at 2014-09-16 14:27:56
一般序列太长，测序时会从序列两端往中间测，也就是双向测通，测通后利用DNAMAN将两序列拼接，拼接时中间会有一段重叠部分，最后直接导出便可得到全长序列！

不是一般测序，是高通量RNA sequencing
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3楼2014-09-16 15:23:22
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hlxxym

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-16 20:20:13
是不是剔除不好的reads和剔除前的结果？

楼主你的问题描述得不够具体，建议把整个文件夹截图发上来，比较好判断。
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4楼2014-09-16 16:57:58
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wenhua2009

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看来你是Pair-end 测序了，R1 R2分别代表仪器测得的你建库插入片段的两端部分序列
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5楼2014-09-28 22:33:09
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

高通量测序由于原理的限制，读长不会太长。illumina平台基本上100bp左右，这样子对测序后的拼接工作很不利。所以就有了双端测序，比如一段500bp（这个取决于你建库时的选择）的序列，我从两端分别测100bp，得到的就是_1和_2文件咯。_1和_2文件中的序列是成对的。
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6楼2015-01-20 10:42:56
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