应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何理解RNA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布
91/1返回列表
查看: 4723  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

emanlee

木虫 (小有名气)

[求助] 如何理解RNA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布

请问如何理解微阵列基因表达数据服从正态分布？是指一个Array中的表达数据，还是全部数据合在一起？
请问如何理解RNA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布，负二项分布？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2013-05-12 23:53:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youxiluo

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 鼓励新虫发帖，分析得很好 2013-05-14 08:39:39
emanlee: 金币+10, ★有帮助 2013-05-20 20:48:22
1 应该是指一个array中的数据就是正态分布，因为常用的t检验法筛选差异基因都是一个array一个array来进行的，也就是认为每个array都服从正态分布了

2 在RNA-Seq中，每个基因会对应多少个读段是一个计数型的随机变量，计数型随机变量分布类型通常就是离散分布里面那几个，泊松分布是最常见的一个了，加上有通常假定每个read在基因组序列上是均匀分布的，故一个基因对应的read数服从速率恒定的泊松分布（当然也可以推广至速率变化的泊松分布，那就得改变前提假设了）

以上是个人理解，希望有帮助！多多交流！
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2013-05-13 09:42:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emanlee

木虫 (小有名气)
对于microarray，比如条件1下测了5个microarray1，microarray2，microarray3，microarray4，microarray5；
比如条件2下测了5个microarray6，microarray7，microarray8，microarray9，microarray10；
每个 microarray 中都有geneA，请问geneA 在条件1下的五个表达值服从正态分布吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-13 15:20:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emanlee

木虫 (小有名气)
对于RNA-Seq，
比如条件1下测了5个样本得到五个样本中geneA的count或者FPKM，count1，count2，count3，count4，count5；
比如条件2下测了另外5个样本得到五个样本中geneA的count或者FPKM，count6，count7，count8，count9，count10；
每个样本中都有geneA，请问geneA 在条件1下的五个表达值服从泊松分布吗？
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-13 15:35:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
emanlee: 金币+10, ★有帮助 2013-05-20 20:48:30
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2013-06-26 12:27:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by emanlee at 2013-05-13 15:20:02
对于microarray，比如条件1下测了5个microarray1，microarray2，microarray3，microarray4，microarray5；
比如条件2下测了5个microarray6，microarray7，microarray8，microarray9，microarray10；
每个 microar ...

不是，是within one microarray，而不是among microarrays。
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-14 08:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emanlee

木虫 (小有名气)
Sample 1        Sample 2        Sample 3        Sample 4        Sample 5
Gene 1        Gs11        Gs12        Gs13        Gs14        Gs15
Gene 2        Gs21        Gs22        Gs23        Gs24        Gs25
Gene 3        Gs31        Gs32        Gs33        Gs34        Gs35

请问 gs11,gs12,...gs15 服从正态分布吗？
还是 gs11，gs21，gs31 服从正态分布？
赞一下 回复此楼
6楼2013-06-26 12:04:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emanlee

木虫 (小有名气)
数据格式有点乱，重新写了一下：

------        Sample 1        Sample 2        Sample 3        Sample 4        Sample 5
Gene 1        Gs11        Gs12        Gs13        Gs14        Gs15
Gene 2        Gs21        Gs22        Gs23        Gs24        Gs25
Gene 3        Gs31        Gs32        Gs33        Gs34        Gs35
赞一下 回复此楼
7楼2013-06-26 12:08:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingran

金虫 (正式写手)
★
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2013-07-05 15:19:16
这个你得出一个结论没？？
关于理解NA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布或负二项分布。
可以分享一下，你最近对这个的理解不？
赞一下 回复此楼
8楼2013-07-05 11:38:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emanlee

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wubingran at 2013-07-05 11:38:45
这个你得出一个结论没？？
关于理解NA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布或负二项分布。
可以分享一下，你最近对这个的理解不？

泊松分布或负二项分布 -- 可能是在一个Lane内的各个基因间服从的。
赞一下 回复此楼
9楼2013-07-09 08:24:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 emanlee 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 7/350 2026-07-31 12:10 by syhhffkrym
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 3/150 2026-07-31 12:08 by syhhffkrym
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 6/300 2026-07-31 12:05 by syhhffkrym
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +6 锦衣卫寒战 2026-07-28 6/300 2026-07-31 11:27 by syl200707
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +15 1234567wang 2026-07-25 19/950 2026-07-31 08:30 by ZJTJZ
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +8 布布和一二 2026-07-30 8/400 2026-07-31 01:51 by alongwaytogo
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 17/850 2026-07-30 20:10 by kissu88
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么？ 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 没消息就是被刷了呗 +13 lambert2014 2026-07-24 14/700 2026-07-29 10:38 by msh145800
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭