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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何理解RNA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布
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emanlee

木虫 (小有名气)

[求助] 如何理解RNA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布

请问如何理解微阵列基因表达数据服从正态分布？是指一个Array中的表达数据，还是全部数据合在一起？
请问如何理解RNA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布，负二项分布？
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1楼 2013-05-12 23:53:15
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youxiluo

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 鼓励新虫发帖，分析得很好 2013-05-14 08:39:39
emanlee: 金币+10, ★有帮助 2013-05-20 20:48:22
1 应该是指一个array中的数据就是正态分布，因为常用的t检验法筛选差异基因都是一个array一个array来进行的，也就是认为每个array都服从正态分布了

2 在RNA-Seq中，每个基因会对应多少个读段是一个计数型的随机变量，计数型随机变量分布类型通常就是离散分布里面那几个，泊松分布是最常见的一个了，加上有通常假定每个read在基因组序列上是均匀分布的，故一个基因对应的read数服从速率恒定的泊松分布（当然也可以推广至速率变化的泊松分布，那就得改变前提假设了）

以上是个人理解，希望有帮助！多多交流！
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2楼2013-05-13 09:42:45
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emanlee

木虫 (小有名气)
对于microarray，比如条件1下测了5个microarray1，microarray2，microarray3，microarray4，microarray5；
比如条件2下测了5个microarray6，microarray7，microarray8，microarray9，microarray10；
每个 microarray 中都有geneA，请问geneA 在条件1下的五个表达值服从正态分布吗？
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3楼2013-05-13 15:20:02
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emanlee

木虫 (小有名气)
对于RNA-Seq，
比如条件1下测了5个样本得到五个样本中geneA的count或者FPKM，count1，count2，count3，count4，count5；
比如条件2下测了另外5个样本得到五个样本中geneA的count或者FPKM，count6，count7，count8，count9，count10；
每个样本中都有geneA，请问geneA 在条件1下的五个表达值服从泊松分布吗？
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4楼2013-05-13 15:35:56
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
emanlee: 金币+10, ★有帮助 2013-05-20 20:48:30
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2013-06-26 12:27:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by emanlee at 2013-05-13 15:20:02
对于microarray，比如条件1下测了5个microarray1，microarray2，microarray3，microarray4，microarray5；
比如条件2下测了5个microarray6，microarray7，microarray8，microarray9，microarray10；
每个 microar ...

不是，是within one microarray，而不是among microarrays。
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5楼2013-05-14 08:39:13
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emanlee

木虫 (小有名气)
Sample 1        Sample 2        Sample 3        Sample 4        Sample 5
Gene 1        Gs11        Gs12        Gs13        Gs14        Gs15
Gene 2        Gs21        Gs22        Gs23        Gs24        Gs25
Gene 3        Gs31        Gs32        Gs33        Gs34        Gs35

请问 gs11,gs12,...gs15 服从正态分布吗？
还是 gs11，gs21，gs31 服从正态分布？
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6楼2013-06-26 12:04:27
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emanlee

木虫 (小有名气)
数据格式有点乱，重新写了一下：

------        Sample 1        Sample 2        Sample 3        Sample 4        Sample 5
Gene 1        Gs11        Gs12        Gs13        Gs14        Gs15
Gene 2        Gs21        Gs22        Gs23        Gs24        Gs25
Gene 3        Gs31        Gs32        Gs33        Gs34        Gs35
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7楼2013-06-26 12:08:21
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wubingran

金虫 (正式写手)
★
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2013-07-05 15:19:16
这个你得出一个结论没？？
关于理解NA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布或负二项分布。
可以分享一下，你最近对这个的理解不？
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8楼2013-07-05 11:38:45
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emanlee

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wubingran at 2013-07-05 11:38:45
这个你得出一个结论没？？
关于理解NA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布或负二项分布。
可以分享一下，你最近对这个的理解不？

泊松分布或负二项分布 -- 可能是在一个Lane内的各个基因间服从的。
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9楼2013-07-09 08:24:08
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