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孜孜--

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于MS和GROMACS文件转换的问题 已有1人参与

各位大侠麻烦请问一下我在MS里建好的模型晶胞如图1所示,甲烷包覆在水分子形成的空间内,但是保存成PDB文件时,甲烷分子跟水分子就分离了如图2所示,请问应该怎么解决这个问题啊?

关于MS和GROMACS文件转换的问题
图1


关于MS和GROMACS文件转换的问题-1
图2
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
孜孜--(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-15 20:26:11
边界条件的问题吧,你用写字板打开pdb文件,然后把原子坐标后边那些删除了试试
2楼2014-09-15 16:43:56
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孜孜--

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-09-15 16:43:56
边界条件的问题吧,你用写字板打开pdb文件,然后把原子坐标后边那些删除了试试

原子坐标后面是占有率和温度因子、元素符号,删了试试没用哈。
3楼2014-09-15 17:43:42
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870277182

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-15 17:43:42
原子坐标后面是占有率和温度因子、元素符号,删了试试没用哈。...

没有connect。。。。这些么?
4楼2014-09-16 11:01:55
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)

楼主,请问一下建立这个水分子晶胞的步骤,我建立的水合物模型总是有问题,楼主能不能帮忙解决一下
关于MS和GROMACS文件转换的问题-2
1.jpg

机会总是留给有准备得人!
5楼2014-09-16 13:46:48
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孜孜--

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2014-09-16 11:01:55
没有connect。。。。这些么?...

木有呀。。
6楼2014-09-16 17:20:34
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孜孜--

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 蔡元浩 at 2014-09-16 13:46:48
楼主,请问一下建立这个水分子晶胞的步骤,我建立的水合物模型总是有问题,楼主能不能帮忙解决一下

1.jpg

不好意思哈,这个不是自己建的。
7楼2014-09-16 17:21:31
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-16 17:21:31
不好意思哈,这个不是自己建的。...

那你们能不能把那个cif或者pdb文件发给我一个,我看看是怎么弄的
机会总是留给有准备得人!
8楼2014-09-16 17:26:54
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georgexuz

新虫 (初入文坛)

请问您会建水合物模型吗?会的话能不能说下氢原子位置怎么选择?
9楼2015-01-13 19:39:40
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