应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于MS和GROMACS文件转换的问题
91/1返回列表
查看: 2418  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

孜孜--

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于MS和GROMACS文件转换的问题 已有1人参与

各位大侠麻烦请问一下我在MS里建好的模型晶胞如图1所示，甲烷包覆在水分子形成的空间内，但是保存成PDB文件时，甲烷分子跟水分子就分离了如图2所示，请问应该怎么解决这个问题啊？

关于MS和GROMACS文件转换的问题
图1


关于MS和GROMACS文件转换的问题-1
图2
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-09-15 08:16:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
孜孜--(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-15 20:26:11
边界条件的问题吧，你用写字板打开pdb文件，然后把原子坐标后边那些删除了试试
赞一下 回复此楼
2楼2014-09-15 16:43:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-09-15 16:43:56
边界条件的问题吧，你用写字板打开pdb文件，然后把原子坐标后边那些删除了试试

原子坐标后面是占有率和温度因子、元素符号，删了试试没用哈。
赞一下 回复此楼
3楼2014-09-15 17:43:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-15 17:43:42
原子坐标后面是占有率和温度因子、元素符号，删了试试没用哈。...

没有connect。。。。这些么？
赞一下 回复此楼
4楼2014-09-16 11:01:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蔡元浩

铁虫 (小有名气)
楼主，请问一下建立这个水分子晶胞的步骤，我建立的水合物模型总是有问题，楼主能不能帮忙解决一下
关于MS和GROMACS文件转换的问题-2
1.jpg
赞一下 回复此楼
机会总是留给有准备得人！
5楼2014-09-16 13:46:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2014-09-16 11:01:55
没有connect。。。。这些么？...

木有呀。。
回复此楼
6楼2014-09-16 17:20:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 蔡元浩 at 2014-09-16 13:46:48
楼主，请问一下建立这个水分子晶胞的步骤，我建立的水合物模型总是有问题，楼主能不能帮忙解决一下

1.jpg

不好意思哈，这个不是自己建的。
赞一下 回复此楼
7楼2014-09-16 17:21:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蔡元浩

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-16 17:21:31
不好意思哈，这个不是自己建的。...

那你们能不能把那个cif或者pdb文件发给我一个，我看看是怎么弄的
赞一下 回复此楼
机会总是留给有准备得人！
8楼2014-09-16 17:26:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

georgexuz

新虫 (初入文坛)
请问您会建水合物模型吗？会的话能不能说下氢原子位置怎么选择？
赞一下 回复此楼
9楼2015-01-13 19:39:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 孜孜-- 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 材料与工程 324分 专硕 +12 翩翩一书生 2026-04-10 13/650 2026-04-10 08:18 by 5268321
[考研] 314求调剂 +21 wakeluofu 2026-04-09 22/1100 2026-04-10 07:51 by 1753564080
[考研] 求调剂 +12 MAX怅惘 2026-04-09 13/650 2026-04-09 23:32 by cls512
[考研] 269求调剂 +9 啊啊我我 2026-04-07 9/450 2026-04-09 20:17 by 小瑶楠南
[考研] 349学科化学045106求调剂，化学类都可以 +8 保好懂懂 2026-04-08 8/400 2026-04-09 14:03 by xulei3024
[考研] 311求调剂 +6 surte 2026-04-08 13/650 2026-04-09 14:00 by surte
[考研] 化学调剂求助 +14 LULONG1 2026-04-03 19/950 2026-04-09 10:43 by chenxi233
[考研] 调剂 +22 不逢春 2026-04-07 23/1150 2026-04-09 08:01 by Sammy2
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +5 一名26考研生 2026-04-04 5/250 2026-04-07 08:54 by 18828373951
[考研] 复试调剂 +14 呼呼？~+123456 2026-04-05 14/700 2026-04-06 22:50 by chenzhimin
[考研] 一志愿211生物学280分 求调剂 +5 李rien 2026-04-05 5/250 2026-04-06 10:30 by zhyzzh
[考研] 085600，320分求调剂 +16 大馋小子 2026-04-04 17/850 2026-04-06 07:58 by MOF_Catal
[考研] 328分调剂 +6 门men 2026-04-04 6/300 2026-04-05 13:40 by imissbao
[考研] 341求调剂 +3 学无止境，冲 2026-04-05 3/150 2026-04-05 09:40 by lbsjt
[考研] 085701求调剂 +7 龚禹铭 2026-04-04 8/400 2026-04-04 13:49 by 小小树2024
[考研] 一志愿沪985，326分求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-03 3/150 2026-04-04 11:16 by 悲伤的芋头
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 求调剂 +8 akdhjs 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by 戴维ING
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭