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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于MS和GROMACS文件转换的问题
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孜孜--

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于MS和GROMACS文件转换的问题 已有1人参与

各位大侠麻烦请问一下我在MS里建好的模型晶胞如图1所示，甲烷包覆在水分子形成的空间内，但是保存成PDB文件时，甲烷分子跟水分子就分离了如图2所示，请问应该怎么解决这个问题啊？

关于MS和GROMACS文件转换的问题
图1


关于MS和GROMACS文件转换的问题-1
图2
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1楼 2014-09-15 08:16:30
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
孜孜--(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-15 20:26:11
边界条件的问题吧，你用写字板打开pdb文件，然后把原子坐标后边那些删除了试试
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2楼2014-09-15 16:43:56
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孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-09-15 16:43:56
边界条件的问题吧，你用写字板打开pdb文件，然后把原子坐标后边那些删除了试试

原子坐标后面是占有率和温度因子、元素符号，删了试试没用哈。
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3楼2014-09-15 17:43:42
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870277182

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-15 17:43:42
原子坐标后面是占有率和温度因子、元素符号，删了试试没用哈。...

没有connect。。。。这些么？
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4楼2014-09-16 11:01:55
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)
楼主，请问一下建立这个水分子晶胞的步骤，我建立的水合物模型总是有问题，楼主能不能帮忙解决一下
关于MS和GROMACS文件转换的问题-2
1.jpg
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机会总是留给有准备得人！
5楼2014-09-16 13:46:48
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孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2014-09-16 11:01:55
没有connect。。。。这些么？...

木有呀。。
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6楼2014-09-16 17:20:34
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孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 蔡元浩 at 2014-09-16 13:46:48
楼主，请问一下建立这个水分子晶胞的步骤，我建立的水合物模型总是有问题，楼主能不能帮忙解决一下

1.jpg

不好意思哈，这个不是自己建的。
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7楼2014-09-16 17:21:31
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-16 17:21:31
不好意思哈，这个不是自己建的。...

那你们能不能把那个cif或者pdb文件发给我一个，我看看是怎么弄的
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机会总是留给有准备得人！
8楼2014-09-16 17:26:54
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georgexuz

新虫 (初入文坛)
请问您会建水合物模型吗？会的话能不能说下氢原子位置怎么选择？
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9楼2015-01-13 19:39:40
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