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[资源]
【ME】分子格式转化小程序convert0.2
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在ME的工具中可以转换文件的格式，如下图： 但是有点麻烦，反正我每次转换的时候都没有成功过，这里介绍一个转化工具！！ 按照说明文件能够成功转换，而且可以批量转换！！ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 在cmd运行时可能会花费很多时间来写，而且它的说明文件有点复杂，下面提供一个我的“命令行”语句，一看就懂了，[ Last edited by 张强小虫 on 2012-5-2 at 09:52 ] |
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- 附件 2 : 命令行.txt
2012-05-02 09:41:37, 2.28 M
2012-05-02 09:47:10, 647 bytes
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2楼2012-05-02 09:50:31
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好像蛮多人想往ME中导入碳纳米管，鄙人就是其中之一，呵呵。以下是我亲身试验的方法，绝对管用。 1.从MS中导出碳纳米管的.pdb及.mol文件，再打开ME——>tools——>Converter——>pdb2bdl,将MS中导出的pdb文件转化成bdl文件，当然得到的bdl文件信息不全。 2.用ME打开得到的bdl文件，原子名称全显示问号，键也消失。进入atom/mol list——>select all——>replace——>atom,选择碳原子，然后replace，完成后可以看到原子名称变为碳原子了。 3.在bdl导入价键信息。需要导入到bdl文件中的有如下信息：碳纳米管中价键数，价键两端碳原子编号，价键类型，这些信息都从.mol文件中得到。用ultraedit打开bdl及从MS中导出的.mol，可以看到两个文件都包含很多信息，我们先分别简单了解下文件结构。先了解下bdl文件。bdl文件第一行是碳纳米管a,b,c轴参数，其实就是直径和长度。第二行是描述包着碳纳米管的长方体盒子的角度参数。第三行原子种类，第四行很重要，从左到右的参数依次代表原子名称，分子个数，分子中包含的原子个数，价键数，可以看到价键参数这时候显示0，这里是要修改的.第五行到末尾显示的是每个碳原子坐标及原子量。用我做的为例（相关文件我会在后面附上），我操作的碳纳米管有258个原子，也就是是说从第5行至第262是原子坐标及原子量信息，我们将要加入的价键信息从263行开始。.mol文件中从263行开始是价键信息，第1到4为键两端原子其中一个原子标号，4到7列显示的是另一个原子标号，8到9列显示的是价键类型，对于碳纳米管都是1或4，都表示是单键。第4行的1到4列显示原子个数，4到7列显示价键数目，我操作的他显示258387，既有258个原子，387个价键。现在开始导入信息了。第一修改bdl中价键数目，像我的从.mol 文件中得到的是387，找到bdl文件的第53至56列（记得最后一位数字紧接着的一列显示56）,把387键入。接着选择列模式（在列选项中)，分别将.mol文件从263行直到649行的第1到4列，4到7列，8到9列数据全部复制到bdl文件以263行为起始行的12至15列，22至25列，30至31列中。操作完这些后记得每一行要加上行号。最后关键一步，同样采用列操作，从263行开始所有行第31列之后统一加上3列空格，否则ME仍会显示格式错误的，我就是被这3列空格戏耍了很久，具体原因不清楚，也不知道加其它列数空行管不管用，这些都要靠大家帮忙了。 感觉写的挺啰嗦，也不知道讲清楚没，结合着我改的文件看看吧，希望能对你有用。其中有不对的地方请大家批评指正，不足的讲得不清楚的地方恳请大家补充。 |
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