| 查看: 3450 | 回复: 31 | |||||
| 【奖励】 本帖被评价21次，作者张强小虫增加金币 16 个 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[资源]
【ME】分子格式转化小程序convert0.2
|
|||||
在ME的工具中可以转换文件的格式，如下图： 但是有点麻烦，反正我每次转换的时候都没有成功过，这里介绍一个转化工具！！ 按照说明文件能够成功转换，而且可以批量转换！！ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 在cmd运行时可能会花费很多时间来写，而且它的说明文件有点复杂，下面提供一个我的“命令行”语句，一看就懂了，[ Last edited by 张强小虫 on 2012-5-2 at 09:52 ] |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : convert0.2.rar
- 附件 2 : 命令行.txt
2012-05-02 09:41:37, 2.28 M
2012-05-02 09:47:10, 647 bytes
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学 | condensed matter physics | 有趣的小软件 |
» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有9人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有11人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有12人回复
-
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有6人回复
-
面上合作单位盖章
已经有5人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
-
申请删除本帖
已经有7人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式
已经有4人回复
- 请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改？
已经有11人回复
- MS无法导出任何格式的文件
已经有4人回复
- Fortran变量格式
已经有3人回复
- lammps read_data 文件格式
已经有12人回复
- 如何从土壤中筛选能够转化薯蓣皂素的菌种啊？
已经有5人回复
- 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
已经有7人回复
- 如何将取向矩阵中归一化的{hkl}转化成互质化的{HKL}，求算法！！！！
已经有10人回复
- 求处理vasp能带的小程序
已经有14人回复
- VASP分子动力学优化的INCAR如下，怎么CONTCAR和POSCAR没有什么变化啊？
已经有13人回复
- 【求助】转晶后精制的意义何在？
已经有4人回复
- 【分享】GENNBO排队小程序
已经有3人回复
- 【讨论】如何进行小分子结构文件格式的转化
已经有6人回复
- 【原创】vasp的POSCAR转换成cif格式程序修改版
已经有7人回复
|
好像蛮多人想往ME中导入碳纳米管，鄙人就是其中之一，呵呵。以下是我亲身试验的方法，绝对管用。 1.从MS中导出碳纳米管的.pdb及.mol文件，再打开ME——>tools——>Converter——>pdb2bdl,将MS中导出的pdb文件转化成bdl文件，当然得到的bdl文件信息不全。 2.用ME打开得到的bdl文件，原子名称全显示问号，键也消失。进入atom/mol list——>select all——>replace——>atom,选择碳原子，然后replace，完成后可以看到原子名称变为碳原子了。 3.在bdl导入价键信息。需要导入到bdl文件中的有如下信息：碳纳米管中价键数，价键两端碳原子编号，价键类型，这些信息都从.mol文件中得到。用ultraedit打开bdl及从MS中导出的.mol，可以看到两个文件都包含很多信息，我们先分别简单了解下文件结构。先了解下bdl文件。bdl文件第一行是碳纳米管a,b,c轴参数，其实就是直径和长度。第二行是描述包着碳纳米管的长方体盒子的角度参数。第三行原子种类，第四行很重要，从左到右的参数依次代表原子名称，分子个数，分子中包含的原子个数，价键数，可以看到价键参数这时候显示0，这里是要修改的.第五行到末尾显示的是每个碳原子坐标及原子量。用我做的为例（相关文件我会在后面附上），我操作的碳纳米管有258个原子，也就是是说从第5行至第262是原子坐标及原子量信息，我们将要加入的价键信息从263行开始。.mol文件中从263行开始是价键信息，第1到4为键两端原子其中一个原子标号，4到7列显示的是另一个原子标号，8到9列显示的是价键类型，对于碳纳米管都是1或4，都表示是单键。第4行的1到4列显示原子个数，4到7列显示价键数目，我操作的他显示258387，既有258个原子，387个价键。现在开始导入信息了。第一修改bdl中价键数目，像我的从.mol 文件中得到的是387，找到bdl文件的第53至56列（记得最后一位数字紧接着的一列显示56）,把387键入。接着选择列模式（在列选项中)，分别将.mol文件从263行直到649行的第1到4列，4到7列，8到9列数据全部复制到bdl文件以263行为起始行的12至15列，22至25列，30至31列中。操作完这些后记得每一行要加上行号。最后关键一步，同样采用列操作，从263行开始所有行第31列之后统一加上3列空格，否则ME仍会显示格式错误的，我就是被这3列空格戏耍了很久，具体原因不清楚，也不知道加其它列数空行管不管用，这些都要靠大家帮忙了。 感觉写的挺啰嗦，也不知道讲清楚没，结合着我改的文件看看吧，希望能对你有用。其中有不对的地方请大家批评指正，不足的讲得不清楚的地方恳请大家补充。 |
4楼2012-05-04 08:21:36
2楼2012-05-02 09:50:31
3楼2012-05-03 21:08:11
简单回复
飞天小红猪5楼
2012-05-09 17:24
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
飞天小红猪6楼
2012-05-09 17:25
回复
顶一下，感谢分享！
2012-08-23 20:31
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
迷茫的小飞侠8楼
2012-09-02 22:40
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
proteios9楼
2012-12-19 15:38
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
proteios10楼
2012-12-19 15:38
回复
顶一下，感谢分享！
haibotu11楼
2013-03-01 12:51
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
茹此无声13楼
2013-03-25 16:28
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
茹此无声14楼
2013-03-25 16:29
回复
顶一下，感谢分享！
投票:
