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请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改？ 已有3人参与
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因为跟力场文件里的原子名称不一致，所以需要PDB里的原子名称，怎么改？请高手指点一下！ |
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2楼2013-09-05 15:10:44
3楼2013-09-05 15:14:16
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比如我PDB文件中C HETATM 4258 C4' ACP A1900 -16.697 53.787 -36.121 1.00 87.44 力场文件中 GROUP ATOM C4' CN7 0.16 ! H61 H62 ATOM H4' HN7 0.09 ! \ / ATOM O4' ON6B -0.50 ! N6 ATOM C1' CN7B 0.16 ! | ATOM H1' HN7 0.09 ! C6 GROUP ! // \ ATOM C5 CN5 0.28 ! N1 C5--N7\\ ATOM N7 NN4 -0.71 ! | || C8-H8 ATOM C8 CN4 0.34 ! C2 C4--N9/ ATOM H8 HN3 0.12 ! / \\ / \ ATOM N9 NN2 -0.05 ! H2 N3 \ ! \ ATOM N1 NN3A -0.74 ! \ ATOM C2 CN4 0.50 ! \ ATOM H2 HN3 0.13 ! (-)O3G O2B O1A H5' H4' O4' \ ATOM N3 NN3A -0.75 ! | | | | \ / \ \ ATOM C4 CN5 0.43 !O1G=PG-O3B-PB-O3A-PA-O5'-C5'---C4' C1' ATOM C6 CN2 0.46 ! | | | | \ / \ 我看不懂到底哪个是我需要修改的原子。 |
4楼2013-09-05 15:19:51
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:43
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:43
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到VMD的官网去搜索一个文件名叫《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》的教程，仔细学习一下全都知晓 www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ |
5楼2013-09-05 16:45:33
6楼2013-09-06 14:43:27
7楼2013-09-06 14:47:49
8楼2013-09-06 14:48:43
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3Q |
9楼2013-09-06 14:57:00
10楼2013-09-18 09:33:56