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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改？
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mumun

新虫 (小有名气)

[交流] 请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改？ 已有3人参与

因为跟力场文件里的原子名称不一致，所以需要PDB里的原子名称，怎么改？请高手指点一下！
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1楼 2013-09-05 14:58:09
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:28
VMD 轻松搞定

比如原子名为 C1，修改为C2

set sel [atomselect top "name C1"]
$sel set name C2

然后再保存
set all [atomselect top all]
$all writepdb ok.pdb
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2楼2013-09-05 15:10:44
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mumun

新虫 (小有名气)
能不能直接在PDB文件上修改？这个需要对照结构，逐个原子进行修改吗？
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3楼2013-09-05 15:14:16
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mumun

新虫 (小有名气)
比如我PDB文件中C   HETATM 4258  C4' ACP A1900     -16.697  53.787 -36.121  1.00 87.44           
力场文件中
GROUP
ATOM C4'  CN7     0.16  !                       H61  H62
ATOM H4'  HN7     0.09  !                         \  /
ATOM O4'  ON6B   -0.50  !                          N6
ATOM C1'  CN7B    0.16  !                          |
ATOM H1'  HN7     0.09  !                          C6
GROUP                   !                        //  \
ATOM C5   CN5     0.28  !                        N1   C5--N7\\
ATOM N7   NN4    -0.71  !                        |    ||     C8-H8
ATOM C8   CN4     0.34  !                        C2   C4--N9/
ATOM H8   HN3     0.12  !                       / \\ /     \
ATOM N9   NN2    -0.05  !                     H2   N3       \
                        !                                    \
ATOM N1   NN3A   -0.74  !                                     \
ATOM C2   CN4     0.50  !                                      \
ATOM H2   HN3     0.13  ! (-)O3G   O2B     O1A    H5' H4'  O4'  \
ATOM N3   NN3A   -0.75  !    |      |       |      |    \ /   \  \
ATOM C4   CN5     0.43  !O1G=PG-O3B-PB-O3A-PA-O5'-C5'---C4'    C1'
ATOM C6   CN2     0.46  !    |      |       |      |     \     / \
我看不懂到底哪个是我需要修改的原子。
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4楼2013-09-05 15:19:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by mumun at 2013-09-05 15:19:51
比如我PDB文件中C   HETATM 4258  C4' ACP A1900     -16.697  53.787 -36.121  1.00 87.44           
力场文件中
GROUP
ATOM C4'  CN7     0.16  !                       H61  H62
ATOM H4'  HN7     0.09   ...

到VMD的官网去搜索一个文件名叫《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》的教程，仔细学习一下全都知晓

www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
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5楼2013-09-05 16:45:33
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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
内容已删除
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6楼2013-09-06 14:43:27
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小卷xujunli at 2013-09-06 14:43:27
你好，我按照你上面的那个网址点进去没有找到那个教程啊 都是一些其他的教程，能麻烦给个更加详细点的吗...

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/topology/
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7楼2013-09-06 14:47:49
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小卷xujunli at 2013-09-06 14:43:27
你好，我按照你上面的那个网址点进去没有找到那个教程啊 都是一些其他的教程，能麻烦给个更加详细点的吗...

http://www.google.com.hk/search? ... Y%20FILE%20TUTORIAL
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8楼2013-09-06 14:48:43
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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-06 14:47:49
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/topology/...

3Q
9楼2013-09-06 14:57:00
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mumun

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-05 16:45:33
到VMD的官网去搜索一个文件名叫《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》的教程，仔细学习一下全都知晓

www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/...

前辈，能不能帮我改其中的一个原子？我学学如何改？
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10楼2013-09-18 09:33:56
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