应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改？
51/1返回列表
查看: 3159  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mumun

新虫 (小有名气)

[交流] 请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改？ 已有3人参与

因为跟力场文件里的原子名称不一致，所以需要PDB里的原子名称，怎么改？请高手指点一下！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-09-05 14:58:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小卷xujunli
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-06 14:47:49
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/topology/...

3Q
9楼2013-09-06 14:57:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:28
VMD 轻松搞定

比如原子名为 C1，修改为C2

set sel [atomselect top "name C1"]
$sel set name C2

然后再保存
set all [atomselect top all]
$all writepdb ok.pdb
赞一下 回复此楼
2楼2013-09-05 15:10:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mumun

新虫 (小有名气)
能不能直接在PDB文件上修改？这个需要对照结构，逐个原子进行修改吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-09-05 15:14:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mumun

新虫 (小有名气)
比如我PDB文件中C   HETATM 4258  C4' ACP A1900     -16.697  53.787 -36.121  1.00 87.44           
力场文件中
GROUP
ATOM C4'  CN7     0.16  !                       H61  H62
ATOM H4'  HN7     0.09  !                         \  /
ATOM O4'  ON6B   -0.50  !                          N6
ATOM C1'  CN7B    0.16  !                          |
ATOM H1'  HN7     0.09  !                          C6
GROUP                   !                        //  \
ATOM C5   CN5     0.28  !                        N1   C5--N7\\
ATOM N7   NN4    -0.71  !                        |    ||     C8-H8
ATOM C8   CN4     0.34  !                        C2   C4--N9/
ATOM H8   HN3     0.12  !                       / \\ /     \
ATOM N9   NN2    -0.05  !                     H2   N3       \
                        !                                    \
ATOM N1   NN3A   -0.74  !                                     \
ATOM C2   CN4     0.50  !                                      \
ATOM H2   HN3     0.13  ! (-)O3G   O2B     O1A    H5' H4'  O4'  \
ATOM N3   NN3A   -0.75  !    |      |       |      |    \ /   \  \
ATOM C4   CN5     0.43  !O1G=PG-O3B-PB-O3A-PA-O5'-C5'---C4'    C1'
ATOM C6   CN2     0.46  !    |      |       |      |     \     / \
我看不懂到底哪个是我需要修改的原子。
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-05 15:19:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 16:47 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:47 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 15:07 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +5 布布和一二 2026-08-08 8/400 2026-08-08 14:54 by archvillain
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:47 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:39 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭