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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] dump 输出原子名称

各位好:
      lammps定义原子时用数字1,2,3,导致在vmd中显示的name也为1,2,3,请问怎么才能使lammps结果在vmd显示的name为真实名字名称N,H,O?

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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:13:22
这个好像是lammps的弊端,因为lammps输入的时候就没有这样的定义。
2楼2012-10-17 19:04:50
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流, lammps输入都是把名字数字话了,输出肯定没有,不过在把轨迹载入到VMD的时候,可以自己写一个tcl脚本,把数字对应的原子名修改过来 2012-10-18 16:55:51
我使用那么久好像也没有听说过有输出确切原子名称的lammps命令,不过在VMD查看的时候可能会有,你可以多看下VMD的使用方面的介绍或许会得到答案的
3楼2012-10-18 16:37:51
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blueybz

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-17 19:04:50
这个好像是lammps的弊端,因为lammps输入的时候就没有这样的定义。

版主,请教个问题。如何把dump文件中的坐标分别提取出来呢?比如dump中储存有1000个snapshot,有没有脚本可以把坐标分别提取出来,
4楼2012-10-25 02:42:58
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-10-25 09:23:05
现成的没有,不过思路简单:
1、把lammps轨迹载入VMD
2、做循环,直到你的轨迹全部循环完毕
3、保存成PDB,或者XYZ 格式的文件,其中就有坐标信息

去看看VMD所使用的几个 tcl 命令
for
set sel [atomselect top "your atoms that will be saved"]
$sel writepdb yourfilename.pdb

或者直接输出到另一个文件中
set outfile [open $yourfilename.dat w]
$sel get {x y z}
puts $outfile $sel

思路如此,去查手册搞懂各个命令,完善此脚本即可。
5楼2012-10-25 07:51:29
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tonge

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-25 19:09:03
昨天正好研究了下这个。你可以看下 dump_modify 。可以手动修改的。dump custom 里面可以选择输出元素 element 。 不过不修改的话都是默认的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump_modify  可以修改。如有3种原子 Si O  H, 可以写 dump_modify 1 element Si O H . 不过这个会不会写到自动生成的输出格式我就没试过了。另外补充一点, 自定义输出的格式定义,实际除了 %d %g 也可以用 %s 就是用来处理个,如对应上面那个dump 可以写 dump_modify 1 format "%5d %9.5g %9.5g %10s"。  
如果对文件格式比较熟的话,应该可以用这个方法实现。
6楼2012-10-25 19:03:16
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futer1

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by tonge at 2012-10-25 19:03:16
昨天正好研究了下这个。你可以看下 dump_modify 。可以手动修改的。dump custom 里面可以选择输出元素 element 。 不过不修改的话都是默认的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump_modif ...

试了下,ERROR: Invalid attribute in dump custom command,不明原因
7楼2013-04-14 12:43:16
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