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dump 输出原子名称
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各位好： lammps定义原子时用数字1,2,3，导致在vmd中显示的name也为1,2,3，请问怎么才能使lammps结果在vmd显示的name为真实名字名称N,H,O?  8660473.png |
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2楼2012-10-17 19:04:50
luxujie3
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3楼2012-10-18 16:37:51
blueybz
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4楼2012-10-25 02:42:58
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-10-25 09:23:05
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-10-25 09:23:05
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现成的没有，不过思路简单： 1、把lammps轨迹载入VMD 2、做循环，直到你的轨迹全部循环完毕 3、保存成PDB，或者XYZ 格式的文件，其中就有坐标信息 去看看VMD所使用的几个 tcl 命令 for set sel [atomselect top "your atoms that will be saved"] $sel writepdb yourfilename.pdb 或者直接输出到另一个文件中 set outfile [open $yourfilename.dat w] $sel get {x y z} puts $outfile $sel 思路如此，去查手册搞懂各个命令，完善此脚本即可。 |
5楼2012-10-25 07:51:29
【答案】应助回帖
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-25 19:09:03
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-25 19:09:03
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昨天正好研究了下这个。你可以看下 dump_modify 。可以手动修改的。dump custom 里面可以选择输出元素 element 。 不过不修改的话都是默认的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump_modify 可以修改。如有3种原子 Si O H， 可以写 dump_modify 1 element Si O H . 不过这个会不会写到自动生成的输出格式我就没试过了。另外补充一点， 自定义输出的格式定义，实际除了 %d %g 也可以用 %s 就是用来处理个，如对应上面那个dump 可以写 dump_modify 1 format "%5d %9.5g %9.5g %10s"。 如果对文件格式比较熟的话，应该可以用这个方法实现。 |
6楼2012-10-25 19:03:16
7楼2013-04-14 12:43:16
