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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » dump 输出原子名称
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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] dump 输出原子名称

各位好：
      lammps定义原子时用数字1,2,3，导致在vmd中显示的name也为1,2,3，请问怎么才能使lammps结果在vmd显示的name为真实名字名称N,H,O?

8660473.png
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1楼 2012-10-17 16:58:19
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futer1

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tonge at 2012-10-25 19:03:16
昨天正好研究了下这个。你可以看下 dump_modify 。可以手动修改的。dump custom 里面可以选择输出元素 element 。 不过不修改的话都是默认的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump_modif ...

试了下，ERROR: Invalid attribute in dump custom command，不明原因
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nothingtosay
7楼2013-04-14 12:43:16
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:13:22
这个好像是lammps的弊端，因为lammps输入的时候就没有这样的定义。
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2楼2012-10-17 19:04:50
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流, lammps输入都是把名字数字话了，输出肯定没有，不过在把轨迹载入到VMD的时候，可以自己写一个tcl脚本，把数字对应的原子名修改过来 2012-10-18 16:55:51
我使用那么久好像也没有听说过有输出确切原子名称的lammps命令，不过在VMD查看的时候可能会有，你可以多看下VMD的使用方面的介绍或许会得到答案的
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3楼2012-10-18 16:37:51
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blueybz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-17 19:04:50
这个好像是lammps的弊端，因为lammps输入的时候就没有这样的定义。

版主，请教个问题。如何把dump文件中的坐标分别提取出来呢？比如dump中储存有1000个snapshot，有没有脚本可以把坐标分别提取出来，
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4楼2012-10-25 02:42:58
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