24小时热门版块排行榜    

查看: 2054  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] dump 输出原子名称

各位好:
      lammps定义原子时用数字1,2,3,导致在vmd中显示的name也为1,2,3,请问怎么才能使lammps结果在vmd显示的name为真实名字名称N,H,O?

8660473.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

futer1

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by tonge at 2012-10-25 19:03:16
昨天正好研究了下这个。你可以看下 dump_modify 。可以手动修改的。dump custom 里面可以选择输出元素 element 。 不过不修改的话都是默认的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump_modif ...

试了下,ERROR: Invalid attribute in dump custom command,不明原因
7楼2013-04-14 12:43:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-18 11:13:22
这个好像是lammps的弊端,因为lammps输入的时候就没有这样的定义。
2楼2012-10-17 19:04:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流, lammps输入都是把名字数字话了,输出肯定没有,不过在把轨迹载入到VMD的时候,可以自己写一个tcl脚本,把数字对应的原子名修改过来 2012-10-18 16:55:51
我使用那么久好像也没有听说过有输出确切原子名称的lammps命令,不过在VMD查看的时候可能会有,你可以多看下VMD的使用方面的介绍或许会得到答案的
3楼2012-10-18 16:37:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blueybz

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-17 19:04:50
这个好像是lammps的弊端,因为lammps输入的时候就没有这样的定义。

版主,请教个问题。如何把dump文件中的坐标分别提取出来呢?比如dump中储存有1000个snapshot,有没有脚本可以把坐标分别提取出来,
4楼2012-10-25 02:42:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +8 枫桥ZL 2026-03-18 10/500 2026-03-21 15:29 by Shawn0911
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 15/750 2026-03-21 10:16 by 脱颖而出
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +6 梨花珞晚风 2026-03-17 6/300 2026-03-21 03:40 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中科技大学,080502,354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +5 tcxiaoxx 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
信息提示
请填处理意见