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dump 输出原子名称
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各位好： lammps定义原子时用数字1,2,3，导致在vmd中显示的name也为1,2,3，请问怎么才能使lammps结果在vmd显示的name为真实名字名称N,H,O?  8660473.png |
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blueybz
木虫 (正式写手)
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- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2012-10-25 02:42:58
2楼2012-10-17 19:04:50
luxujie3
金虫 (著名写手)
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3楼2012-10-18 16:37:51
【答案】应助回帖
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chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-10-25 09:23:05
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-10-25 09:23:05
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现成的没有，不过思路简单： 1、把lammps轨迹载入VMD 2、做循环，直到你的轨迹全部循环完毕 3、保存成PDB，或者XYZ 格式的文件，其中就有坐标信息 去看看VMD所使用的几个 tcl 命令 for set sel [atomselect top "your atoms that will be saved"] $sel writepdb yourfilename.pdb 或者直接输出到另一个文件中 set outfile [open $yourfilename.dat w] $sel get {x y z} puts $outfile $sel 思路如此，去查手册搞懂各个命令，完善此脚本即可。 |
5楼2012-10-25 07:51:29
