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yiha

新虫 (初入文坛)

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[求助] dump 输出原子名称

各位好：
lammps定义原子时用数字1,2,3，导致在vmd中显示的name也为1,2,3，请问怎么才能使lammps结果在vmd显示的name为真实名字名称N,H,O?

8660473.png

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1楼 2012-10-17 16:58:19

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tonge

铁虫 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
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注册: 2012-07-30
性别: GG
专业: 传热传质学

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-25 19:09:03

昨天正好研究了下这个。你可以看下 dump_modify 。可以手动修改的。dump custom 里面可以选择输出元素 element 。不过不修改的话都是默认的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump_modify 可以修改。如有3种原子 Si O H，可以写 dump_modify 1 element Si O H . 不过这个会不会写到自动生成的输出格式我就没试过了。另外补充一点，自定义输出的格式定义，实际除了 %d %g 也可以用 %s 就是用来处理个，如对应上面那个dump 可以写 dump_modify 1 format "%5d %9.5g %9.5g %10s"。
如果对文件格式比较熟的话，应该可以用这个方法实现。