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mumun

新虫 (小有名气)

[交流] 请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改? 已有3人参与

因为跟力场文件里的原子名称不一致,所以需要PDB里的原子名称,怎么改?请高手指点一下!
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:28
VMD 轻松搞定

比如原子名为 C1,修改为C2

set sel [atomselect top "name C1"]
$sel set name C2

然后再保存
set all [atomselect top all]
$all writepdb ok.pdb
2楼2013-09-05 15:10:44
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by mumun at 2013-09-05 15:19:51
比如我PDB文件中C   HETATM 4258  C4' ACP A1900     -16.697  53.787 -36.121  1.00 87.44           
力场文件中
GROUP
ATOM C4'  CN7     0.16  !                       H61  H62
ATOM H4'  HN7     0.09   ...

到VMD的官网去搜索一个文件名叫《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》的教程,仔细学习一下全都知晓

www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
5楼2013-09-05 16:45:33
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小卷xujunli at 2013-09-06 14:43:27
你好,我按照你上面的那个网址点进去没有找到那个教程啊 都是一些其他的教程,能麻烦给个更加详细点的吗...

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/topology/
7楼2013-09-06 14:47:49
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小卷xujunli at 2013-09-06 14:43:27
你好,我按照你上面的那个网址点进去没有找到那个教程啊 都是一些其他的教程,能麻烦给个更加详细点的吗...

http://www.google.com.hk/search? ... Y%20FILE%20TUTORIAL
8楼2013-09-06 14:48:43
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
10楼: Originally posted by mumun at 2013-09-18 09:33:56
前辈,能不能帮我改其中的一个原子?我学学如何改?...

见2楼的回复
11楼2013-09-18 10:28:22
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