| 查看: 3187 | 回复: 11 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
请问怎么对PDB文件里的原子名称进行修改？ 已有3人参与
|
|||
因为跟力场文件里的原子名称不一致，所以需要PDB里的原子名称，怎么改？请高手指点一下！ |
回复此楼» 猜你喜欢
时间戳又变了8-15
已经有18人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有13人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有58人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有5人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有8人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- top文件格式问题
已经有3人回复
- dump 输出原子名称
已经有6人回复
- 【ME】分子格式转化小程序convert0.2
已经有31人回复
- pdb文件中加入氢原子
已经有7人回复
- 模型中的原子怎么可以单独复制出来，作为示例原子以标注其名称
已经有7人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【请教】画的配位结构图，原子顺序和名称怎么变了呢？
已经有4人回复
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:43
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-09-06 15:17:43
|
到VMD的官网去搜索一个文件名叫《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》的教程，仔细学习一下全都知晓 www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ |
5楼2013-09-05 16:45:33
2楼2013-09-05 15:10:44
3楼2013-09-05 15:14:16
|
比如我PDB文件中C HETATM 4258 C4' ACP A1900 -16.697 53.787 -36.121 1.00 87.44 力场文件中 GROUP ATOM C4' CN7 0.16 ! H61 H62 ATOM H4' HN7 0.09 ! \ / ATOM O4' ON6B -0.50 ! N6 ATOM C1' CN7B 0.16 ! | ATOM H1' HN7 0.09 ! C6 GROUP ! // \ ATOM C5 CN5 0.28 ! N1 C5--N7\\ ATOM N7 NN4 -0.71 ! | || C8-H8 ATOM C8 CN4 0.34 ! C2 C4--N9/ ATOM H8 HN3 0.12 ! / \\ / \ ATOM N9 NN2 -0.05 ! H2 N3 \ ! \ ATOM N1 NN3A -0.74 ! \ ATOM C2 CN4 0.50 ! \ ATOM H2 HN3 0.13 ! (-)O3G O2B O1A H5' H4' O4' \ ATOM N3 NN3A -0.75 ! | | | | \ / \ \ ATOM C4 CN5 0.43 !O1G=PG-O3B-PB-O3A-PA-O5'-C5'---C4' C1' ATOM C6 CN2 0.46 ! | | | | \ / \ 我看不懂到底哪个是我需要修改的原子。 |
4楼2013-09-05 15:19:51
